炼金术，是一门基于等价交换原理的科学，它理解、分解并重构物质，将一种物品转化为另一种物品。然而如此先进的技术却不能用来炼制人体，而这在炼金术中是绝对的禁忌。然而，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴路美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理惠 配音）两兄弟却因为太想念母亲而不惜违背禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿，而他的哥哥阿尔冯斯只能将自己的灵魂附在一副巨大的铠甲上。终于明白一切的两兄弟，为了恢复原状，不断寻求更多的炼金术知识，并成为国家炼金术士，踏上了寻找终极炼金术物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，并对自己所处的军事化国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家族……炼丹师的未来又在何方？
