谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。 而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。

Doggett不顾众人阻拦，坚持开展调查工作，他将调查方向锁定在了一起环保署职员死亡案件上。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。 调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴…… 本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。