公元2071年,一群神秘的机械细胞突然启动了征服人类的世界级计划。2074年,处于劣势的人类经过长时间的抵抗,使用了终极毁灭武器。为了歼灭敌人,甚至不惜牺牲自己国家庞大的领土。结果,主大陆被分割成数块,南极大陆也消失不见,地球上超过50%的陆地被海水淹没。战争十年后……
原本在战争中受伤退伍、不再担任飞行员的冬女王上校突然接到了一项特殊命令。负责教育飞行员驾驶日本海军秘密研发的新型武器,并融入所有最新设计理念。令人意外的是,这三名海军中校全都是十几岁的少女。先不说在精英军人家庭长大的一条英香,再看看似乎与战争毫无关系的智商200的天才少女园宫和似乎唯一好的地方就是精神的樱乃音羽,最后他哑口无言了……在严酷的训练中,三人的羁绊也越来越深厚。
被称为“SKYGIRLS”的少女们,肩负着人类的未来和希望。现在……