At the end of the Edo Period which brought the era of the samurai to a close, Ryu is the descendant of a "genin", the lowest rank in the ninja hierarchy. Due to such a low rank, he lives a miserable existence. Then a secret order is received from Katsu Kaishu bidding for the recovery of princess Shizuka, a Satsuma native, from the home of a prominent vassal in Edo.

为了世界的光明，赤影成为了影子武士。 在战国时期的骚乱中，赤影担负着成为影子武士一族首领的命运。 赤影为了和平而战斗着，然而，到底是执行影子忍者的使命，还是接受当权者的命令，赤影在夹缝中痛苦着挣扎，企盼能寻找到真正属于自己的道路……

幕末时期，企图倒幕的萨摩藩士肆意闹事，普通百姓的生活受到威胁。琉球武术高手尚，因与萨摩藩士隆正发生争执，来到了弥漫着不安氛围的江户。有一天，尚遇到了被卖到妓院的少女千，而在这背后，是从西乡隆盛处领命、想要加速江户动乱的隆正。当尚与隆正因缘际会再次碰面时，尚的内心深处燃起了青白之火。看透这团火的胜海舟，秘密命令尚作为时代变革的导火索发挥作用。

在丰臣秀吉尚以木下藤吉郎之名行走于世的时代，琵琶湖南岸盛行着一个名为金目教的邪教。据传，那些拒绝信奉此教之人，将会遭受恐怖的诅咒。藤吉郎对教祖甲贺幻妖斋心存疑虑，遂从飞驒国召来了两位戴面具的忍者——赤影与青影。

本剧根据横山光辉的同名漫画改编。故事里，当织田信长的天下统一大业即将实现时，琵琶湖畔以南出现了一个叫《金目教》的诡异宗教。传言不信该教的人会遭到可怕诅咒。为了暗中调查《金目教》的真相，信长委派《假面忍者》前去。一名以忍者身份潜伏在暗处的青年（佐藤大树），最终变身为“假面忍者·赤影”。

時は戦国、織田信長は天下統一を着々と進めていた。しかし、それを阻まんとしている諸大名もまだまだ多数いた頃、南蛮貿易で富を誇る栄の町に「金目教」という謎の集団が出現した。 甲賀幻妖斎を首領とする金目教は、目的の為には手段を選ばぬ残酷な集団で一大勢力になりつつあった。 幻妖斎を支える部下は数知れずみな独特の術の使い手であった。栄の町は会合衆と呼ばれる人々で治められていたのであるが、会合衆は、金目教拡大を重く見て、飛騨の「忍者の里」にいる影一族に金目教の首謀者を捕らえるように依頼した。 この任務を任されたのが、飛騨忍者の「三つの影」青年忍者赤影、少年忍者青影、ベテラン忍者白影である。

战国时代和幕府时代曾经盛极一时的日本忍者，因为战败而强迫解散组织，似乎从历史中消失。然而事实上，多达20万人的忍者至今依旧暗中存在，秘密监视着过敏。貌不惊人的云隐九郎（坂泰斗 配音）每天半死不活待在家里，看起来就是一个纯纯的废柴，其实他是一个身怀绝技的忍者。某天，冒充成快递员的上级找上门来，派他前往某高中与死对头的忍者部队作战。沉寂太久的云隐总算被组织唤醒了，但是这个任务并不是结束，反而是一系列大事件的开始…… 本片改编自花泽健吾创作的同名漫画作品。

本片改编自花泽健吾的同名漫画，讲述了曾经辉煌一时的日本忍者，在战后被GHQ解散组织而消失，不过，他们潜伏在世界的所有机关，现代也暗中活动着，据说人数约为20万人。但基层忍者经常找不到工作，其中之一的云隐九郎（山崎贤人 饰）隶属忍者组织“NIN”的末端忍者（下忍），过着与啃老族无异的生活。一天，闲得发慌的他被判了一项重大的“忍务”，那就是调查战后70多年来一直潜入地下的某个组织的动向，其名为——“地下忍者”。忍术、智谋、最新科技等驱使了一切，从未有过的战斗现在开始。

1999年8月6日和11月21日，总集编《假面忍者 赤影 纪念版》以VHS和LD形式发售，全2卷。