清乾隆年间，江南武林帮会 红花会总舵主 于万亭带同四当家“奔 雷手” 文泰来夜闯清廷禁宫。总舵主于万亭见过 乾隆后，遭清兵毒手，死前立下遗命，由年轻义子 陈家洛接任总舵主之位，并要帮众誓必护卫拥戴这位翩翩风度的世家公子，红花会上下马上准备最隆重的接任大礼“千里接龙头”，准备迎接陈家洛继位总舵主之位。隐身于陕西扶风延绥镇总兵 李可秀家为西宾的武当派名宿 陆菲青，随主人新迁浙江水陆提督前往江南的途中，遇上参加“千里接龙头”仪式，却被朝廷鹰爪困在三道沟客栈的红花会四当家文泰来与其妻 骆冰，陆菲青出手相救，将他们荐至西北武林英雄铁胆 周仲英处避难。适逢周仲英外出，以陆菲青之师 弟、武当派高手、卖身清廷的火手判官 张召重为首的朝廷鹰爪尾随前来，周仲英之幼子不慎透露出文泰来等人藏身之处，激战之余，文泰来被捕，骆冰与红花会坐十四把交椅的 余鱼同逃出。周仲英外出归来，恼怒异常，红花会众英雄赶来铁胆庄，因误以为文泰来被出卖，双方交手，混战一场。红花会新任总舵主陈家洛赶来以百花错拳胜周仲英，后得知周仲英之子只有十岁，才知错怪对方，握手言和。为救文泰来，众英雄堵截镖行车队与为抢回圣物《 可兰经》的回族人相遇，陈家洛出手相救，与人称翠羽黄衫的族长之女 霍青桐彼此惺惺相惜，并肩作 战，几经波折，终于为霍青桐取回圣典《可兰经》。时陆菲青之女徒 李沅芷扮男装前来助战，与霍青桐欢笑戏闹，陈家洛遂生怀疑，以为霍青桐心有所许，霍青桐知陈家洛误会，一时间难解释明白，告辞而归，临行前将自己珍藏的一把短剑赠送给陈，并言其中隐藏着一个大秘密。文泰来已被张召重押走。红花会众人追至黄河边相救，却值清廷铁甲军路过此地，红花会众人被冲散。红花会七当家武诸葛徐天宏与周仲英之女 周绮一直斗嘴，却危难之时遇在一处，互相照顾，彼此产生好感，在途中又救出被镖行捉住的周绮之母，于周仲英、陈家洛的主持下，暂订终身之约。在开封，为救因黄河决口 而受灾的难民， 徐天宏设计与众英雄一同抢了清朝大军的粮饷，发给百姓。余鱼同与众人失散以后，与李沅芷一同探得文泰来已押往杭州，便设法留下记号，红花会众英雄遂直奔杭州。陈家洛游西湖之时，与一自称东方耳的人相识，和 赵半山夜探巡抚衙时，却见乾隆皇帝驾临，即是自称东方耳之人。陈家洛大惊，被乾隆的贴身待卫发现，陈遂请东方耳与其共游西湖。西子湖上双方听曲谈心，颇为惬意；后双方比武，御前侍卫 龙骏暗器输于红花会三当家千手如来赵半山，诸圆、 白振为红花会二当家无法道长的剑术击败，乾隆恼羞成怒，叫来大军，岂料杭州是红花会的根据地，人数众多，连军营中许多人都是红花会成员，乾隆只好悻悻而归。陈家洛得空回老家祭扫父母之坟，却意外遇见在这里偷偷扫墓的 乾隆，乾隆再三请陈家洛放弃江湖生涯，入朝为官，陈断然拒绝，双方约定互不伤害。陈家洛赶回杭州，众人强攻提督府，在一蒙面人的指引下找到关押文泰来的暗室，但张召重设置种种机关，行动终告失败。镇远镖局总镖头威震河朔 王维扬押送回部求和送来的玉瓶至杭州，被徐天宏设计获得，并以此和上次进攻提督府捉来的李可秀小妾作为条件，让陈家洛与文泰来相见，李可秀被迫答应。陈家洛与文泰来见，从文泰来处得知乾隆是自己的亲哥哥，物证在陈家洛的师父天池怪侠那里之时，张召重返回，二人出其不意，点中穴位，将其击倒，文泰来遂假扮张召重而出，被李可秀识破，陈家洛只好独身而返。徐天宏设“卞庄刺虎”之计 ，让王维扬与张召重比武，张召重比武失手，败后用计重伤王维扬，欲将之活埋。陈家洛率众豪杰赶至，将其活捉，此时陆菲青与其师兄、武当派掌门人 马真赶来，马真向众人求情，并保证不容张召重再为非作歹，将他带走。强敌一去，众人再攻提督府，李可秀及御前侍卫欲用炸药将众人一网打尽，藏身于李府中的“金笛秀才”余鱼同奋不顾身，以身体阻住火药线，救出文泰来及众人，自己却被烧伤，面目皆坏。陈家洛等一不做二不休，又借“花船点状元”之机，设计使名妓 玉如意将乾隆引至家中捉住，囚在六和塔中，软硬兼施，情威并用，与乾隆一同订下驱清复明的大计。只有赶来刺杀乾隆的 天山双鹰夫妻二人决不相信皇帝，不参加盟誓。红花会众人来至天目山，看望养伤的文泰来、余鱼同，并 为徐天宏、周绮举行婚礼。李沅芷几次与余鱼同交往，对他一往情深，岂料余鱼同暗恋骆冰，对她毫不理睬。李沅芷追至天目山，误至徐、周洞房，众人虚惊一场。为反清复明，众人四散联络人手。余鱼同为避李沅坐船独行，遇上关东三魔及仇人言伯干等，几次遇险，仗机警逃出，亏得李沅芷假扮他引开众人，才得脱险。他为情所苦，自觉对不住结义兄弟文泰来，又负李沅芷一片痴情，遂于宝相寺出家为僧。三魔与言伯干寻仇，认出余鱼同，正要出手，文泰来赶至，大显身手，击毙言伯干等数人，但余鱼同心意已决，不辞而别。陈家洛为给回部送信，单骑匹马赶往西疆，途中遇见人称 香香公主未知是霍青桐之妹，为其美丽所吸引，香香公主也爱上了陈家洛。二人赶至回部，适逢清廷征西大将军丁兆惠派使来下战书，陈家洛力折使者，为回人 争光；香香公主自告奋勇，前往清军中下战书。陈家洛与香香公主在清军中遇见张召重，几乎被擒，困于沙漠之中，幸文泰来等人赶到，及时抵住张召重的进攻。霍青桐识破清军阴谋，欲以其人之道还治其人之身，却被父兄和部所疑，忍辱负重，调兵遗将，终于大败清军。胜后，霍青桐带病出走，途遇关东三魔，险遭污辱，幸得师父天山双鹰赶到救出。陈家洛此时方知李沅芷女扮男装，后悔自己辜负了霍青桐的一片芳心，与香香公主一同追赶，途中先后遇见狼群和张召重、关东三鹰、霍青桐，众人为抗恶狼暂时联手。陈家洛用霍青桐赠送他的短剑杀狼时，碰巧解开了其中的秘密，遂和霍青桐、香香公主逃出狼群，躲入迷城古洞，并得了一套奇高的武功。陈家洛师父袁士霄为消灭群狼，设置一土城，用牛、马等将狼群引入城中。陈家洛用新学武功打败张召重，将其投入狼群之中。其间余鱼同得知师父马真被张召重所害，脱下袈裟誓为师父报仇，李沅芷借其报仇心切，设计陆菲青从中撮合，二人终于订下终身。陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，南下福建少林寺，欲了解义 父被逐出少林的原因。经过连场比试，他弄清了全部事实真相。周绮身孕在身，留在福建生产；陈家洛和英雄们赶往京城。此时回部全军覆没，香香公主被擒，乾隆欲据为已有，香香公主宁死不从。陈家洛与乾隆相见，以国家利益为重，答应帮助劝说香香公主；香香公主含泪答应了陈家洛，后发现乾隆并不真想反清复明，遂自杀示警。陈家洛伤心之余，抱着最后一线希望进入皇宫，险被毒死。众英雄大开杀戒，天山双鹰与红花会十当家 章进身亡，最后捉住乾隆。霍青桐正欲杀之为父、兄、妹及族人报仇时，安徽巡抚方有德突然怀抱婴儿出现。原来他与侍卫火烧福建少林寺抢得周绮之子来京向乾隆报功。他以婴儿性命相威胁，众人不忍见婴儿死于非命，遂放弃杀乾隆之念，活捉乾隆之私生子 福康安出宫，迫使乾隆不与红花会为难。众人赶至香香公主之坟，打开后只见一滩碧血，香香公主的尸体已化作一缕香魂，陈家洛挥毫题上“香冢”二字，并作铭“浩浩愁，茫茫劫，短歌终，明月缺。郁郁佳城，中有碧血。碧亦有时尽，血亦有时灭，一缕香魂无断绝！是耶非耶？化为蝴蝶。”而后凄然而去，与红花会众英雄前往西疆栖身。

香港国际影视展太阳娱乐文化巡礼上，《书剑》导演张之亮透露本片改编自《书剑恩仇录》，编剧阮世生笑说要把压缩精华并加入许多打斗，工作量很大。

红花会总舵主于万亭夜闯禁宫，揭发乾隆为汉人后，由于环境迫害一病归天，遗位由陈世倌的第二个儿子陈家洛接任，陈家洛看到于万亭遗书后，遂知乾隆有可能…

陈家洛取得有关乾隆身世的密函，进京要求乾隆履行六和塔之约，乾隆砌词拖延，随即将证物销毁。乾隆又掳走香香公主，要求洛劝香顺从自己，洛以国家大事为重忍痛照办，香含泪答允。后香得悉乾隆暗中订下消灭红花会之计，自尽示警。乾隆于宫中宴请红花会群雄，洛与众人有备而来，双方混战连场，洛为救回文泰来的幼婴，放走乾隆。洛得知来和霍青桐藏身天山，遂前住会合，伺机再图大事。

文泰来获救后，说出乾隆实汉人，且与陈家洛是亲兄弟的秘密。洛与红花群雄将乾隆掳至六和塔顶谈判，要求乾隆反清复汉，并停止侵略回部，乾隆假意答应。洛偶遇霍青桐之妹香香公主，互相倾慕。桐见二人相爱，芳心黯然。此时乾隆食言，派人向回部下战书。洛偕香往清营查探遇险，被困沙漠。桐施计击退清兵，再独自救出洛，香。经此一役，洛决放下儿女私情，返回中原为国家民族效力。

书生柳梦萍与杜丽君曾有指腹为婚的约定，后来柳家家道衰败，柳梦萍便带着弟弟柳剑儿前往杜家投靠。杜丽君的父亲杜守仁对兄弟俩态度冷淡，将他们安置在荒院之中。夜晚，杜丽君偷偷与柳梦萍相会，二人在花前月下互诉衷肠，立下海誓山盟。然而白天，柳梦萍在庭院中再次遇到杜家小姐，对方却将他当作陌生人。后来柳梦萍才得知，杜守仁嫌贫爱富，逼迫杜丽君嫁给富家子弟杨耀威，杜丽君不从，最终自缢身亡，而白天所见其实是杜丽君的孪生妹妹杜婉君。杜守仁又逼迫杜婉君嫁给杨耀威，杜婉君坚决不从，想要和柳梦萍私奔也被拒绝。柳梦萍和弟弟带着杜丽君的魂魄回乡，途中杜丽君告知他，妹妹为了反抗父亲的命令也自尽了，并让柳梦萍返回杜家，帮助自己借尸还魂，最终这对有情人终成眷属。

清乾隆年间，红花会舵主于万亭与四当家文泰来趁乾隆皇帝狩猎之际，面呈载有乾隆卑微身世的陈夫人遗书抄本，要挟乾隆与红花会结盟、反清复明。乾隆暗遣张召重杀死于万亭，将文泰来捕获。于万亭义子陈家洛继任舵主，率众前往营救文泰来。途中杀退清军，为来自维疆的木卓伦部队解了围。木卓伦长女霍青桐与家洛一见钟情，随家洛同往劫持囚车，但因清军援兵赶到，未获成功。家洛随即赶赴杭州，偶于飞来峰上与东方耳相遇 ，二人抚琴论诗，一见如故。后家洛得知乾隆在杭州提审文泰来，夜伏屋顶探视，发现东方耳正是乾隆。不久 ，家洛返回阔别的故乡，从奶妈处得 到亡母陈夫人遗书真迹，方知当朝皇帝乃是在襁褓中被其父用调包计送进王府的胞兄。在父母坟旁，家洛又与乾隆巧遇。乾隆矢口否认自己为陈家后裔，并答应释放文泰来。家洛信以为真，便将亡母遗书投入钱塘江中。 岂料乾隆即派重兵围剿红花会。家洛巧施美人计，将乾隆劫持于六和塔上 。肃亲王欲借机置乾隆于死地，率八旗炮队猛轰高塔。乾隆万般无奈之下 ，接受了与红花会结盟反清的协议。 本片于1988年获法国巴黎国际妇女电影节特别奖。续集为《戈壁恩仇录》 。

血滴子、傀儡人夜袭杭州红花会总舵，红花会四当家文泰来被擒、总舵被毁。学剑归来的陈家洛于杭州遭遇杀手设伏追杀，几番缠斗追逃后被百花阁歌姬玉如意所救。陈家洛得知自己被传言已成为红花会新任总舵主，掌握着前朝福王宝藏的秘密。陈家洛将计就计，利用宝藏秘闻拉拢善于易容的玉如意。他们从官府小吏钱经历那里打探出文泰来正被关押在杭州秘狱。秘狱之外，陈家洛、玉如意巧遇红花会赵半山、洛冰、李瀚文。五人协力搭救文泰来，却发现中了圈套——文泰来早已被换走，现在狱中的是朝廷高手“火手判官”张召重。五人各显神通，拼杀突围，前往李瀚文山庄躲避。洛冰等人怀疑玉如意是朝廷内奸，此刻，玉如意的真实身份即将浮出水面……

故事发生在清朝乾隆年间，红花会舵主于万亭和文泰来（吕良伟 饰）手握乾隆（陈昭荣 饰）身世的秘密，以此企图要挟乾隆扶持红花会反清复明，哪知道乾隆派来了张召重突袭两人，于万亭死于非命，文泰来则身陷囹圄。 陈家洛（赵文卓 饰）系于万亭的义子，悲愤之中发誓要救回即将受审的文泰来替父报仇。在此过程中结识了木卓伦及其女儿霍青桐（关咏荷 饰），霍青桐更是倾慕于陈家洛的侠肝义胆，追随其后参与了劫囚车的行动。不幸的是，行动最终以失败告终，与此同时，陈家洛震惊的发现，乾隆竟然正是之前同自己一见如故趣味相投的东方耳。之后，陈家洛返回故乡，并在此再次偶遇乾隆。