一天晚上，东都大学附属医院紧急收治了一名头部受伤的神秘男子，值班脑外科医生南方瑾（大泽隆夫 饰）成功地为其完成了手术。手术醒来之后，该男子却莫名其妙地逃走了。在追逐过程中，仁从楼梯上摔下来陷入昏迷，再次醒来时发现自己身处一片盘头武士正在战斗的森林中。以为正在拍摄古装剧的瑾有危险，幸好被年轻武士橘恭太郎（小出惠介 饰）所救。仁跟随受伤的恭太郎回到橘家，在极其简陋的条件下为其做了手术。目睹了手术全过程的恭太郎的妹妹橘咲（绫濑遥 饰）深受感动，对瑾产生了浓厚的兴趣。第二天早上，仁从咲口中得知了令人震惊的事实：自己竟然穿越到了幕末的江户时代！
自此，一幅庞大的历史画卷渐渐浮现。以仁在医学研究所的坎坷经历以及他创业之后的诸多医疗事件为主线，不仅坂本龙马、胜海舟、绪方公安、新撰组等人物/组织悉数登场，仁还在现代邂逅了长相惊人相似的美艳花魁野风（中谷美纪饰演）。深知神奇命运的仁，在努力将现代医疗技术引入江户的同时，……
