有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。 某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。 就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？

一颗陨石坠落到地球的海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失。地球的气候因此出现异常，人类的生存环境不断恶化，地球上的树木枯萎，土地都变成了沙漠。更可怕的是，从那颗陨石中冒出了大量的外星生物异虫，它们有着强大的力量，并开始侵略人类的世界，让人类处在恐慌之中。 为了对抗外敌的入侵，人类组成杰特这个特殊武力组织，并且花费人力物力开发出了假面骑士系统。然而，一些杰特的成员因不满杰特的做法，而选择脱离组织，成立了一个新的组织——新杰特。 杰特和新杰特冲突不断，在一次杰特与新杰特的对抗中，一个神秘的男子天道总司出现了，他拥有变身成为假面骑士甲斗王的强大能力，但却不属于任何一个组织，这让交战双方都感到非常惊讶。 其实在这场纷争背后，有一个可怕的阴谋正在悄悄地进行……

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

一个倒霉到家的少年野上良太郎，因为意外被不良少年们缠上，也因此无意间捡到了叶奈所遗失的通行证，路上又被异魔神悄悄附身。机缘巧合下良太郎打开了通往时间列车的门，并且遇上了列车员直美却觉得没有异状..... 之后叶奈告诉良太郎关于特异点以及电王的事情，他们遇上了被异魔神附身的不良少年...良太郎与众异魔神共同战斗、搞笑、悲伤的故事就从一句"本大爷登场"展开。

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。