神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。

明朝中叶，老皇帝昏迷不醒，立储之事悬而未决，皇子和齐王觊觎皇位，明争暗斗，此时京城惊现连环杀人案，责成京师六扇门办理案件，六扇门统带申梓木（黄…

《六扇门传奇》将故事背景设定在明朝，祝英（陶洋 饰）是六扇门里唯一的女捕快。她外表冷峻，宛如冰霜，内心却有着一副侠骨柔肠。祝英平时沉默寡言，是六扇门中的机关巧手。她加入玄武小组后，屡次立下奇功。她亲手制作的各类机关武器，在关键时刻为男主角周冲提供了极大的帮助，两人也因此暗生了情愫。

天启皇帝驾崩，崇祯即位之时，准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人…

大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

现代女法医叶彩唐意外殒命，一朝穿越沦为古代孤女。孟家老宅惊现 “鬼魂杀人” 奇案，人人惶惶不安，唯有她凭借法医专业本领戳破凶犯的伪装。六扇门捕头夏樾抓住她仵作之女的身份，一纸五十两卖身契，强行把她留在衙门做编外仵作抵债。欢喜冤家日常互怼，却在一次次凶险命案里互生羁绊。叶彩唐以现代验尸技术横扫各类悬案，拨开层层迷雾，不料案情不断深挖，竟撞出三十七年前宫廷秘事与楚家灭门血海旧怨，身世谜团裹挟着巨大危机向二人席卷而来。

明朝正德年间，叶国涛在追查一起龙虎山凶杀案时遇害，爱徒董云飞被任命为六扇门捕快，沿着案发现场唯一的证物“令牌碎片”这条线索不断追查，逐渐揭开凶案背后隐藏的有关于古墓宝藏的阴谋。各方势力几次刺杀阻拦董云飞查案，但他置自身危险于不顾，联合知府女儿、方捕快不断深入调查，最终逼得以血虫蛊毒谋财害命的幕后真凶不得不现身，将真相大白于天下。

影片讲述了正德年间，刘瑾独揽朝纲，数月，京城内外数富户家中被盗，凡被盗日，定有一人携金银救济贫苦，百姓尊为“盗圣”，皇帝听此事大发雷霆，命雷豹…

多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

专门关押监犯的黑山监狱年久失修，欲将监犯搬运，六扇门接到任务帮忙。张一带着唐珂前往预备，不料监狱中临时关押的两个女犯却引来了一批奥秘杀手血洗铁牢，张一和唐珂无可奈何联合狱中监犯一起抗敌，等待救援……