故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。

《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。

在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！

凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明。他创造的世界生而不平等，只有参加凹凸大赛才有机会改变命运。参赛者将得到系统赐予的“特殊能力”，并锻炼运用各自的能力不断闯关战斗。只要能在凹凸大赛中获得最终的胜利，那么就能得到一切，并赐予你与“七神使”一样代神统治世界的权力。然而，这些都只是虚伪的表象……

凹凸君，两枚会写歌会跳舞的可爱男孩子.

凹凸世界的创世神是一位肆意随性的神明，他创造了充斥不平等的世界，却也赐予世人改变命运的机会——只需参加“凹凸大赛”，利用系统赋予的“特殊能力”，通过一轮又一轮的残酷考验，争取最终的胜利！ 如今，停办百年的大赛再度开启。我们的主角——金，为了改变登格鲁星的命运，找回姐姐，决定参赛……

凹凸世界的创世神是一位肆意随性的神明，他创造了充斥不平等的世界，却也赐予世人改变命运的机会——只需参加“凹凸大赛”，利用系统赋予的“特殊能力”，通过一轮又一轮的残酷考验，争取最终的胜利！如今，停办百年的大赛再度开启。我们的主角——金，为了改变登格鲁星的命运，找回姐姐，决定参赛……

"在某个世界泡中，武装人偶与死士的冲突从未间断过。伴随着二者之间的冲突不断升级，世界泡的稳定性正逐渐降低。为了拯救这个即将崩坏的世界，人类成立了专门用来管理与控制人偶的组织。为了掩盖黑暗的真相，人类特地给组织取了一个非常可爱的名字——「人偶学园」……——啊哈哈，开玩笑的，怎么可能是那样呢？"

故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。

以县内顶级实力而自豪的男子学校，私立蔷薇门高中。转学到那里的主人公，与众多的猛者们相遇了。 穿越校门后，见到的是帅哥—— 无法的教师、足球部的队长、时隔七年再次相遇的儿时玩伴，等等……充满个性的人们与主人公所展开的友情、爱情、纠葛也是多种多样……激烈的心意相互交错的学园恋爱物语。