在2024年，宇宙爆發一場巨大的碰撞， 　　這場碰撞引起了星際元素的激烈變化， 　　原子少年決定駕駛太空船前去一探究竟， 　　旅程中，他們遇到了來自六顆遙遠星球的54位神秘少年， 　　這些少年每個人都擁有獨特的力量， 　　有些擁有操控元素的能力， 　　有些則能穿越時空或與萬物心靈相通， 　　隨著故事的展開，原子少年發現與這些神秘少年之間， 　　存在著某種隱秘的聯繫， 　　他們的命運正緊緊糾纏一起並與宇宙的未來息息相關。