击败吞噬融合体后，危机解除，平溪市再次回归和平。然而，时空能量异常波动情况却愈演愈烈。由于时空秩序出现混乱，导致现实世界与平行宇宙发生交错。为了守护时空秩序与宇宙和平，变形联盟必须尽快找出引起时空交错的时空歧点，消灭时空兽，将错乱的时空导回正轨…

以海澄和变形联盟一起修正错乱时空、对抗时空兽和浩肯星敌人的故事为线索，表现出主角团在面对强敌和险境时不畏困难、勇敢对抗的精神。海澄参与战斗时灵敏机智，多次通过丰富知识找到突破口，让观众感受到知识和智慧才是最大的力量的道理，在危难关头，海澄与变形联盟相互支持，彼此信赖，弘扬友谊、勇敢、担当的美好品德。

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

在一座名为海湾城的超级大都市里，少年炽焰与同班同学小星、美琪无意中发现校园竟然存在着神秘的社团，同时目睹高年级学生深蓝、铁拳和小雪追逐着一头小恐龙，好奇心促使炽焰三人去寻找答案，无意中发现了时空裂缝及其带来的一连串惊天秘密，随之校园及城市陆续陷入了混乱危机。炽焰、深蓝、美琪、小星、铁拳这五个性格各异的少年组建了钢铁飞龙战队，开始了磕磕碰碰又惊险刺激的冒险旅途……

本来应该已经被打败的虫族们，却没想到虫王带着虫族们以更强的能力席卷而来，再次来到地球搞破坏和掠夺地球的资源，变形联盟带着地球特勤队提供的新机体，再次与虫族展开战斗，粉碎虫族的阴谋，守护地球与人类的和平。虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战，虽然普尔达以微弱优势取胜，但歼灭者却突然发动叛变，抢走基因石头让歼灭者变得更强大，变形联盟完全不是对手。歼灭者企图以绝对力量称霸宇宙，在巨大的威胁面前，普力士、普尔达、普奇威父子三人冰释前嫌，首度联手，加上其他同伴的力量，所有人一起向歼灭者展开最后的激战，并成功获胜，再次守护了宇宙的和平。

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。

二十二世纪初，一艘医疗救生船“夜莺229号”正进行一次深层太空的例行巡视。在这艘寂静孤独的飞船里工作的有上尉A.J.马尔里，副手尼克·凡山特，主治医师官奇拉·艾凡斯，计算机工程师本·索特摩杰，医学家叶尔治·潘纳罗萨，以及丹尼克·罗德等六名成员。 巡视中，他们发现在距离他们上百万光年之外有一颗星体正爆发出奇怪的异类物质，几个人一时不知如何处置，就在此时他们接收到了一个紧急求援信号，尽管很危险，但是救援小组的成员没有选择，只有前往救援。 跌跌撞撞的飞船终于接近了那个爆发的中心地带，立刻他们被一个巨大的蓝色星体的引力牵制住了。在这里，他们营救上了一名神秘叵测年青男子卡尔.拉森，让大家不安的是他们感觉到这个人对飞船成员随时可能造成危险。而除此之外，夜莺号上的成员还要和那个巨大的宇宙引力作斗争。 飞船上的人们正在面临着死亡，幸存者必须摆脱这颗星体的引力返回银河系，因为，这颗巨大的超新星的爆发随时都有可能发生……

特赖登生化公司在进行着一种利用人体DNA基因改造生物的特殊试验，但在实验过程中一名受孕女性突然逃跑使得基因生物流失。为了追回试验品，公司主管丹尼医生不惜一切代价甚至牺牲他人生命，与此同时两个绿色环保组织的记者也在对他们进行紧追不舍的追踪中……