受到英国方面的邀请，工藤新一（山口胜平 配音）、小兰、阿笠博士（绪方贤一 配音）启程前往伦敦。在日本这一边，似乎有什么人物盯上了住在步美（岩居由希子 配音）家的灰原哀（林田惠美 配音），而柯南（高山南 配音）也专程打电话告诫光彦（大谷育江 配音）不要让灰原靠近博士的家。与此同时，光彦意外在姐姐的时尚杂志上发现一个名叫Gress Aihara的模特和灰原长得极其相像，他推测灰原此时正身处危险之中。他和元太（高木涉 配音）秘密跟踪灰原和步美，以防危险的发生…… 本片为《名侦探柯南》的OVA作品，根据原作71、72卷收录的外传改编。

暂无剧情简介

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

毛利侦探事务所接到了爆炸预告电话。毛利小五郎怀疑这是恶作剧，但紧接着停在事务所前路上的车爆炸了。犯人在留下了神秘暗号并威胁说：“如果找不到炸弹的话，将会有更多的人牺牲。”那个时候，在东都体育场观看J联赛比赛的柯南，因为小兰打来的电话开始针对听到的爆炸预告进行暗号解读。在时间逼近的时候，柯南能平安找到炸弹吗？

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!