春天的某日，柯南和小兰受服部平次和远山和叶的邀请，再一次来到大阪城观光。原本平平常常甚至有些无聊的行程，却因为三个少年的出现而变得乐趣横生。他们是江坂茧美、八木干彦和大泽健太，无论外貌还是长相都与远在东京的步美、光彦和元太极其相似。少年们找到平次，拜托他帮忙找出失踪的伙伴小智。柯南实在受不了平次安排的枯燥行程，于是答应了少年们的请求。众人经过一番推理，决定先从线索之一的大阪环线入手。平次在电车上无意中看到正在执行任务的大泷警官，而这似乎又与当天早上发生的抢劫信用社有关。小智的失踪事件、银行的抢劫案，它们彼此之间究竟有何关联？

暂无剧情简介

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由于委托很少，毛利侦探事务所门可罗雀，小兰不得不精打细算，小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日，小五郎收到一件神秘包裹，却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时，一通神秘电话打入事务所，柯南接听，却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心，而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似，于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去，终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓，得知警方已经先行到达，不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何？

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!