东京、大阪、京都接连发生凶杀案,五名受害者均被蒙面影人用武士刀和弓箭瞬间击毙。警方介入调查,发现死者均为“源氏萤”成员,这是一个经常出没于三地、专门盗窃著名佛像和艺术品的盗贼团伙。该团伙共有八名成员,互相以义经家臣的名字称呼对方,并各自持有义经的副本。《义经》从五名受害者手中夺走。
这天,京都古刹三王寺收到一封奇怪的信,信中称如果能解开信中附带的谜语,就能找到八年前被盗的如来像。柯南和小兰与毛利小五郎一起来到寺庙,但两人都对字谜束手无策。五名死者中,有一人曾悉心照顾过与新一同样优秀的大阪高中生服部平次,服部也来到京都秘密调查案件,并趁机寻找初恋。柯南与服部相遇,共同调查时,发现有人想杀服部。随后“萤源氏”的另一名成员被谋杀,而这一切似乎都与字谜有关。