经历了严苛的考验，笠原郁（荣仓奈奈 饰）逐渐成长为一名优秀的图书队特遣队队员。而在小田原图书馆守卫战之后，她似乎终于发现，多年来始终念兹在兹的王子殿下正是那位经常摆着一张臭脸的教官堂上笃（冈田准一 饰）。某天，郁的父母意外来访，她手忙脚乱，因为她始终未将自己真正的工作告诉他们。因病失聪的女孩中泽球江（土屋太凤 饰）多年来一直暗恋大哥哥一样的小牧干久（田中圭 饰），可谁知小牧被良化队指控向残疾人传播了有害身心健康的书籍而遭到被捕。另一方面，名叫朝比奈修二（中村苍 饰）的博物馆研究员接近柴崎麻子（栗山千明 饰），他和善的笑容背后另有企图。手冢光（福士苍汰 饰）接二连三接到神秘电话，来电者掌握着图书队未来的命运……

自从《媒体良化法》推行以来，近未来的日本围绕风纪约束和言论自由展开了激烈的拉锯战。媒体良化队针对有害书籍的查禁和销毁不遗余力，与之相对，图书馆自卫组织图书队则拼尽全力保护着人们获取知识和娱乐的自由，为此不惜与良化队兵戎相见，牺牲生命。在历次的对抗中，倔强女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）和魔鬼教官堂上笃（冈田准一 饰）的默契与感情不断加深，彼此的心也越来越近。为了迎接即将到来的“艺术祭典”，图书队决定出借具有重要象征意义的《图书法规要览》在祭典上展出，为此专门安排了最高级别的安保工作。谁知良化队早就听到风声，接连派出大队人马势要夺走这本仅存的要览。在一连串事件背后，手冢光（福士苍汰 饰）哥哥——效力于文部科学省手冢慧（松坂桃李 饰）则致力推行着他的“未来计划”。图书队何去何从…… 本片根据作家有川浩的“图书馆系列”改编。

近未来的正化31年（2019），适值《媒体良化法》颁布的三十周年。该法令的目标在于约束管理媒体扰乱社会风纪的不良行为，并允许特殊机关对违反该法的媒体诉诸武力。但是在过去的这些岁月里，仍然有许多勇敢的人为了言论自由奔走呼告，从而献出自己的生命。而旨在保护被"良化法"定为有害读物的书籍、保障百姓阅读自由的图书馆自卫组织图书队正是其中的佼佼者。        是年，年轻女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）正式成为图书队的一员。高中时代，郁曾遭到媒体良化队员的粗暴对待。关键时刻，一名日后被郁称为"王子殿下"的图书队员帮她解围，这一事件成为她加入图书队的重要原因。军衔为二等图书正的堂上笃（冈田准一 饰）担任新队员的教官，他作风干练，行事严厉，同时还拥有迷人的气质。经过一番艰苦磨练，表现出众的郁光荣成为令所有队员都憧憬万分的图书特殊部队的成员，并分在了堂上教官的麾下。在堂上班长、副班长小牧干久（田中圭 饰）、一等图书士手冢光（福士苍汰 饰）和业务部图书馆员柴崎麻子（栗山千明 饰）的环绕之下，郁不断积累学习图书馆业务以及相关的专业知识。在此期间，她也渐渐发现了被称作"魔鬼教官"的堂上班长，悉心呵护队员温柔和善的一面。        某天，位于小田原的情报历史图书馆宣布闭馆，其中馆藏的所有资料将全部移交给堂上班所在的关东图书队管理。这些资料中不乏对《媒体良化法》的相关报道，而部分被媒体良化委员会认为有"歪曲丑化"良化法嫌疑的报道，自然而然成为这群假道学急于抹杀的目标。围绕着这些重要资料，良化委员会与图书队的冲突在所难免。        在这千钧一发的时刻，本应冲在移送任务最前线的郁突然被派去担当图书基地司令仁科严（石坂浩二 饰）的护卫。郁对此诧异万分，而堂上教官则一言不发。随着移送任务的开始，敌我双方的抗争全面爆发，谁也不知道结局将会如何……

为了公序良俗等理由，政府制定了侵犯人权的“媒体净化法”，并成立了“媒体净化委员会”与“净化特务机关”来进行净化工作。与这个强权机关对抗的唯一组织，即为“图书馆”。一群热爱图书馆自由的人们，武装自己与净化机关进行战争，守护图书馆的自由。笠原郁在高中的某一天看到了想买的书，却遇上了净化委员会的成员，这时却出现了一名男人，使对方离开。西元2019年（正化31年），笠原郁加入了战争

经历了严苛的考验，笠原郁（荣仓奈奈 饰）逐渐成长为一名优秀的图书队特遣队队员。而在小田原图书馆守卫战之后，她似乎终于发现，多年来始终念兹在兹的王…

「图书馆战争」作为一部集结科幻、军事要素的小说，曾在书店大奖和星云奖中获奖，除了动画，还有漫画连载。故事发生在近未来的2019年（正化31年），政府为了公序良俗等理由而制定的「媒体良化法」已经实行30年了，而在这当中，有着唯一一个与强权机关对抗的组织“图书馆”，那是一群热爱图书自由的人们而武装自己与媒体良化委员会进行斗争，虽然有点拙笨但十分努力且满腔热情的主角笠原郁在因缘际会之下，被派遣到有着精锐部队“图书馆特种部队（Library Taskforce）”里，故事便由此拉开帷幕……

DVD第3卷收录该TV未放送话。

所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压倒性地击败智喜，修罗（天野博之 配音）则控制住天空竞技场的所有通讯设备。在他们身后，存在一个当年被猎人协会抹杀的强者——杰德（中村狮童 配音）。满怀怨念的杰德不惜将灵魂卖给恶魔，并带着遭受了同样命运的暗影部落幸村者向猎人协会展开复仇。 怨和慈悲的对抗，光明和黑暗的角力……

安东尼·德·圣埃克苏佩里一生钟情于冒险与自由，是运用飞机向高山和沙漠传递邮件的先驱。二战期间，法国遭纳粹占领，他前往美国。1944年，他在一次飞行任务中失踪，成为法国文学史上最为神秘的一段传奇。

在二战结束前的日子，苏联红军情报部门获悉有关德国纳粹正在研制垂直起降飞碟。如果纳粹完成试验，将扭转战局。 苏军上校Chernobrov 连同一队侦察兵抵达了德国西部波希米亚森林茂密的山区，寻找纳粹研制飞碟的秘密工厂...