为了公序良俗等理由，政府制定了侵犯人权的“媒体净化法”，并成立了“媒体净化委员会”与“净化特务机关”来进行净化工作。与这个强权机关对抗的唯一组织，即为“图书馆”。一群热爱图书馆自由的人们，武装自己与净化机关进行战争，守护图书馆的自由。笠原郁在高中的某一天看到了想买的书，却遇上了净化委员会的成员，这时却出现了一名男人，使对方离开。西元2019年（正化31年），笠原郁加入了战争

近未来的正化31年（2019），适值《媒体良化法》颁布的三十周年。该法令的目标在于约束管理媒体扰乱社会风纪的不良行为，并允许特殊机关对违反该法的媒体诉诸武力。但是在过去的这些岁月里，仍然有许多勇敢的人为了言论自由奔走呼告，从而献出自己的生命。而旨在保护被"良化法"定为有害读物的书籍、保障百姓阅读自由的图书馆自卫组织图书队正是其中的佼佼者。        是年，年轻女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）正式成为图书队的一员。高中时代，郁曾遭到媒体良化队员的粗暴对待。关键时刻，一名日后被郁称为"王子殿下"的图书队员帮她解围，这一事件成为她加入图书队的重要原因。军衔为二等图书正的堂上笃（冈田准一 饰）担任新队员的教官，他作风干练，行事严厉，同时还拥有迷人的气质。经过一番艰苦磨练，表现出众的郁光荣成为令所有队员都憧憬万分的图书特殊部队的成员，并分在了堂上教官的麾下。在堂上班长、副班长小牧干久（田中圭 饰）、一等图书士手冢光（福士苍汰 饰）和业务部图书馆员柴崎麻子（栗山千明 饰）的环绕之下，郁不断积累学习图书馆业务以及相关的专业知识。在此期间，她也渐渐发现了被称作"魔鬼教官"的堂上班长，悉心呵护队员温柔和善的一面。        某天，位于小田原的情报历史图书馆宣布闭馆，其中馆藏的所有资料将全部移交给堂上班所在的关东图书队管理。这些资料中不乏对《媒体良化法》的相关报道，而部分被媒体良化委员会认为有"歪曲丑化"良化法嫌疑的报道，自然而然成为这群假道学急于抹杀的目标。围绕着这些重要资料，良化委员会与图书队的冲突在所难免。        在这千钧一发的时刻，本应冲在移送任务最前线的郁突然被派去担当图书基地司令仁科严（石坂浩二 饰）的护卫。郁对此诧异万分，而堂上教官则一言不发。随着移送任务的开始，敌我双方的抗争全面爆发，谁也不知道结局将会如何……