可可露（齐藤千和 配音）、伊奈（佐佐木美雪 配音）和艾罗多（市原由美 配音）是三姐妹，彼此相依为命，关系非常好。三姐妹继承了父母留下的一座图书馆，名叫可可露图书馆。 可可露的图书馆非常冷清，几乎没有人理睬。这让对这份职业充满期待的可可露有些失望，但很快，第一位客人走进来，他的名字叫星野枫。可可露顺利完成了自己的第一次服务，并与星野枫约定了还书的日期。然而随着还书的日子越来越近，却不见星野枫的踪影。最后，可可露等不及了，决定前往星野枫家，但到了那里却得知星野枫已经搬走了。

一个像床单一样吊着的少女出现在他阳台的栏杆上。这种不切实际的状况出现在了上条当麻的面前。虽然在这个以最先进科学为主导的学园都市，已经可以通过科学技术创造出超能力，但眼前这个自称“茵蒂克丝”的少女还是让上条当麻感到害怕。茵蒂克丝自称因为拥有十万三千本魔法书而被魔法师追杀，而上条当麻也凭借自己的超能力认出了少女的魔法。少女因为危险离开了上条的家。上条照常去学校学习，但放学回家却发现茵蒂克丝倒在血泊中。在科学与魔法交叉的世界里，上条当麻和茵蒂克丝的故事开始了。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在这座总人口230万人、约8成是学生的都市中，实施着开发超能力的特别课程。学生们的能力被赋予从“无能等级0”到“超能力等级5”的6个等级进行评估。 高中生上条当麻也是生活在学园都市的学生之一。因为他右手隐藏着的力量——只要是超能力，就能消除神的祝福的“想象杀手”，他被评价为“无能”，过着充满不幸的一生。 上条的学生生活因暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从遇见从“魔法”世界逃出的女性茵蒂克丝之后，上条就被卷入了各种事件之中。随着统治学园都市的“科学”一方与茵蒂克丝相关的“魔法”一方以惊心动魄的方式解决双方事件，他的人际关系也逐渐扩大。之后，魔法一方最大的基督教教派罗马正教会终于注意到了上条的存在…… 就像是呼应了魔法公式一样……

春日、《魔王因子》笠木的魔王候补、春日荒原、东仁奈奈、麻美梨子、魔法书《外传密码》、仲宏的触碰れた瞬间，耀眼的い光に包まれ，目の前には神秘少女的姿势是をあらわす。 「リリム」と名救られ、アラタとリリスを亲吻并欣赏少女。だが、少女同时出现に、世界变得不同が―。禁忌的“久存库”。 《そこには》与《錬金法》的终极产物——《人の手によってて》《白魔王》《が风じられていた》。 “白魔王”は，真魔王へるため，アラタとトリニティセブンたちの消灭をてる。かつてない强大的力量を抱住“白魔王”的正面，世界崩塌に，终极危机阿拉塔会攻击你吗？阿拉塔与同伴们一起去哪里？他是最后一个，最后一个是现在，而开始是——！