主角有马拓也是一名无所事事的高中生，父亲是历史学家，但在研究时失踪，只剩下他和继母相依为命。暑假期间，主角收到了父亲寄来的包裹，里面装着一个罗盘和三颗水晶珠，还有一封写着“时间可逆，历史不可逆”的信和一些关于平行世界概念的信件，并向主角解释了一切。晚上，拓也到当地著名地标剑岬见人。
拓也如约晚上来到剑岬，发现继母步美和父亲的研究伙伴龙造寺光藏都在场。原本和蔼可亲的龙造寺突然反目成仇，要求有马交出收到的邮件包裹，并掏出枪威胁。危急时刻，一道闪电落下，击中了神社的圣石，拓也当场晕了过去。拓也醒来时，身边空无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲，继母和龙造寺对昨晚发生的事毫无记忆，这时他才发现父亲送他的遗物是可以让人自由穿梭于平行世界的神奇道具，于是他踏上了寻找父亲真实下落的一系列调查。
