法医宋慈上任通古县县令，然上任当天便遇到前来盗取绝命诗案卷宗之人，三年前的一场冤案就此浮出水面，召文阁内数名书生又因绝命诗接连惨死，一时间“绝命诗索命”谣言四起，这一切到底隐藏着何种阴谋，真相终将浮出水面，只是隐藏在真相背后的冤屈，妻离子散的家庭，又该如何重聚……

于府公子惨死，于府之人一夜之间全都变成草人。宋慈奉命调查，发现案情盘根错节，中途也接连遭到草人袭击。朝廷派丁广利协助宋慈，却使得案情更加扑朔迷离，但也让宋慈发现草人案是一场巨大的阴谋。

南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”，逐渐锁定了真凶，并发现了背后的巨大阴谋。最终，宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。

本片讲述了一夜之间二十七具尸体被悬挂当街，且都被抽去了骨头，死相诡谲。向来不信邪的宋慈以一种追求极致真相的态度与女助手雨墨深入调查。通过对死者…

本片讲述了一夜之间二十七具尸体被悬挂当街，且都被抽去了骨头，死相诡谲。向来不信邪的宋慈以一种追求极致真相的态度与女助手雨墨深入调查。通过对死者关系网的盘查，宋慈发现这是起随机杀人案，有价值的是“27”这个数字，这与十年前的波旬教案有关，他向恩师耿知年请教，谁知当天二十七具尸体就在府衙中自燃，虽灰飞烟灭却有迹可寻，宋慈不得不怀疑这一切正和当年负责波旬教案的耿知年有关。与此同时，怀揣着隐秘身世的雨墨也已渐渐接近“真相”，那是她同样无法接受的真相……

南宋提刑官宋慈带着仵作学徒青禾，着手重新核查十年前被封存的旧验状，被篡改的尸格牵出灯影案江心案金井案与焚卷案，灯下无影的凶案埋着隐情，江心沉尸的冤情待昭雪，枯井中的白骨藏着关键线索，被焚毁的卷宗留下细碎蛛丝，旧案余烬复燃，黑幕之下人心难辨，第二季共十集，主题是旧案不会真正了结尸身不会说谎说谎的是活人

少年宋慈游学中，路遇少女被害案，因为经验不足险些误判，幸好遇奇人用红油纸伞找到线索。宋慈感慨自己学识不足，苦苦追寻亲人，大破米囊花镇掳人案，成就一段传奇。

南宋都城临安府内突发命案，民众纷纷传言是夜游神所为。京城临安府府尹夏侯言请宋慈前来相助。宋慈发现死者口中有迷药的气味，推断出凶手就是死者府上的厨子。当宋慈和仵作古雪乔调查厨子之时，又一起命案发生，死者是主持礼法祭祀的礼部侍郎。凶手作案的手法与第一起命案一样，并且在案发现场都有一支黑羽。通过综合两名遇害者的行踪记录，宋慈发现二人同时出现在过一个地方——玉栏仙苑。宋慈和古雪乔赶到玉栏仙苑，并找到了曾经接待两名遇害者之人——外域女子伊娜。宋慈判断夜游神一定与外域有关，而一切指向就是明日的明堂大礼。大礼之日，御史大夫史献忠联合外域众人将太子绑架，最终宋慈等人齐心协力将外域之人制服，并将史献忠绳之以法。

1943年，山东鲁南地区，八路军鲁南独立旅旅长陈天放率军阻击日军。参谋长吕冲传来急电，调集秦枫所在的苍狼突击队，前往江苏最北部的赣榆，营救被日军关押的我党同志王华。在营救过程中王华遇袭牺牲，欧阳冰共产党人的身份暴露，离开了军令部行动队。通过王华死前在欧阳冰身上留下的暗语，欧阳冰得知了钨砂的方位在石家沟往西。苍狼突击队赶到吉祥村，日军也在此寻找钨砂，苍狼突击队等人阻击日军，顶住了日军的攻势成功叫钨砂转移。