传说中创造世界的神奇宝贝阿尔宙斯，在某次灾难中拯救了世界不被灭亡，但却身受重伤，是达摩斯救了他。 之后，为了使米季纳的土地复苏，阿尔宙斯将其生命宝玉借给达摩斯，并约定在下一个日蚀之日归还，但达摩斯却背叛了誓言。 阿尔宙斯长眠前，许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。 在阿尔宙斯苏醒之后，以压倒性的力量将三神彻底打败，而帝牙卢卡也在倒下前夕将小智一行人送到过去，去了解达摩斯为什么会背叛阿尔宙斯的真正缘由。

以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……

传说中创造世界的神奇宝贝阿尔宙斯，在某次灾难中拯救了世界不被灭亡，但却身受重伤，是达摩斯救了他。 之后，为了使米季纳的土地复苏，阿尔宙斯将其生命宝玉借给达摩斯，并约定在下一个日蚀之日归还，但达摩斯却背叛了誓言。 阿尔宙斯长眠前，许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。 在阿尔宙斯苏醒之后，以压倒性的力量将三神彻底打败，而帝牙卢卡也在倒下前夕将小智一行人送到过去，去了解达摩斯为什么会背叛阿尔宙斯的真正缘由……

达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽。谁料圣灵兽高喝着“这是假的”，踏碎了它。被激怒的圣灵兽发出巨大的冲击波袭向希娜。危急时刻，迪奥鲁加和帕鲁其亚劈裂时空突然出现，接住了冲击波。一场前所未有的口袋妖怪大战展汪开了……

一百年前，沙漠城市“荒漠市”因宝可梦们的对战而蒙受极大损害，这场对战的开端，则源自某只宝可梦的存在。然而这只宝可梦遭到某个人封印，如今荒漠市已恢复以往的宁静。 小智与皮卡丘等人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

小智与皮卡丘小智一行人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

小智一行人来到纽特市，遭遇了盖诺赛克特作乱破坏的情景，而此时超梦出现并阻止盖诺赛克特。故事究竟是怎么一回事呢？

善良的巴吉尔（梶裕貴 配音）带领小精灵伊布（西村ちなみ 配音）及其进化形态组成救援队，专门救治各种遇到困难的小精灵。在完成某次任务返程的路上，他的飞机出现故障，迫降在雪山绿松环绕的山谷。修好飞机后，他从善良的小女孩安娜（加藤英美里 配音）及其爷爷的口中听说了他们的一次历险经历，关键时刻得到一只神秘的神奇宝贝的救助。这时，一名自称丹库（子安武人 配音）的男子出现，他告诉大家那只小精灵名叫超梦（高岛礼子 配音），是人类通过梦幻基因造出了的人工宝贝。丹库称超梦为了救助遇险的他而身受重伤，于是巴吉尔他们启程寻找超梦，谁知情况突然出现变化……

神奇宝贝2013年新剧场版标题正式定名为《神速的灭世虫》，并预定于2013年7月13日上映，届时，附加短篇《皮卡丘与伊布好朋友》也会同时公开。 本次即将与明年7月上映的剧场版是《宠物小精灵》系列的第16部剧场版动画，上一部作品名为《宠物小精灵 Best Wishes 酋雷姆VS圣剑士》，而新作则是以被真红之铠包裹着，曾在3亿年前被等离子团改造了的口袋妖怪盖诺赛特为主角，在特报中登场的正是被称为“神速的灭世虫”(又译：盖诺赛特)的口袋妖怪，它比平常的盖诺赛特行动更快速，能力更强劲！尤其是在“高速飞行行态”下时，更是为神速！而剧场版中它将如何活跃，又会与小智一行展开怎样的互动呢？让我们拭目以待！

《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。