少林俗家弟子洪熙官屡与贪官污吏作对，被作为头号必杀人物。由于同门马宁儿的出卖，从此，熙官携幼子浪迹天涯。朱小倩和红豆母女专以行骗为生，遇上马超兴与其父马佳善，她们以卖身葬母为由设下骗局。恐怖怪人领兵突袭少林寺，怪人就是被西域妖僧救走的马宁儿。朱小倩在小巷中与清兵激战中箭而亡。洪熙官父子双战马宁儿，洪熙官师叔出现，文定舍命刺瞎马宁儿双眼，洪熙官乘势将其踢入熔炉，大仇得报，藏宝图安然无恙。

清廷处心积虑消灭少林子弟，特调遣各路高手，火烧少林寺。事出突然，寺中僧人及俗家弟子，仓促应战 ，十死其九，其中洪熙官逃向广东，与方世玉会合，继续反清复明；另有胡惠干、陆阿采和三德和尚等北走中原，他们一心想为死去的少林弟子报仇。他们一度对少林功夫有所怀疑，后来才醒觉少林功夫本是好，只 怨自己学艺不精，于是潜心修炼，终成正果，后世称之五人为“少林五祖”。

清末年间，武风正盛。武当派的奇材白眉道人为了扬各立万自创阴狠毒辣的武功，其掌门知道此事后，将他逐W出武当。白眉在广州自立门户，设馆授徒，自创白眉派。白眉前往少林挑战至善禅师，然至善对他的挑衅不理不睬，其师兄仰山不值白眉所为，私下应战，但却惨被打败，此时，少林武痴洪熙官孤身到少林寺寻找至善，拜师学艺，可惜被拒。然二人却由此而相识，至善听官下言下山，视察武林情况，二人开始踏足江湖……至善察觉到世人对武学真理全不理解，遂成立精武体育会，以提倡体育精神为主，希望以正武林歪风。武术大赛中，松等人一边细心听从至善分析对武松招数，一边接受善特设的训练，武功突飞猛进。松在决赛中全力以赴，他将春的短打，官的虎鹤双形拳及自己的背能边融入武功之中，最终夺冠。之后，至善又收下了少年霍元甲为徒，众师四处游历，一起发扬武学真谛。

广东武术名家洪熙官被官府赶尽杀绝，他只好带著独子洪文定浪迹天涯，被陈松勇饰演的富翁收留为护院师父。另一方面，老千母女叶得娴与邱淑贞也对富翁打主意，跟洪熙官父子展开了一段化敌为友的关系。

乾隆年间，福建少林寺主持至善禅师以发扬少林武术为名，实质招揽有能之士，实行反清复明计划。当中包括苗翠花、洪熙官、三德、童千斤、方世玉等人。但这批年轻的少林壮士，嫉恶如仇、好打不平，因而与武当派结怨，甚至闹上朝廷。

至善禅师昔日因在情场遭遇挫折，于是投身少林寺，他与白眉道人曾是同门，但后来却反目成仇。

小龙（释小龙 饰）被师父派下山寻找佛缘，第一次来到大城市的他，不幸与师兄失散。还好遇到了流浪儿肥虫（郝邵文 饰），才不至于挨饿受冻。肥虫见小龙武功高强，便决定追随他。随后二人又碰到了英雄救美的古董爱好者一山（元彪 饰），一山被小龙的执着精神打动，决定帮助他一起寻找佛缘。 原来一山的兄弟（徐锦江 饰）正是某个倒卖文物团伙的头目，而他们正在倒卖的，正是小龙师父的寺院丢失了的佛首，小龙三人得知后，便和被一山救下的少女小萱（徐若瑄 饰），一起踏上了寻回佛首之路……

明嘉靖年间，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，明朝危在旦夕。南京城内，南京总兵程肃之子程闻道天资聪慧、少年得志，本欲与青梅竹马的郡王府郡主李蓁蓁喜结良缘，然而，这一文一武两家的联姻，却引起了朝廷高官明德的恐惧。　　于是，明德设计提拔程闻道的结拜弟兄高剑雄，并假传圣旨将程闻道一家灭门。心存愧疚的高剑雄放了程闻道一条生路，但两人从此结怨。重伤的闻道被少林僧人救回少林药局救治，一段关于“禅、武、医”的问道故事就此展开。

电影讲述了一个佛与魔较量的故事，为阻止上古妖魔罗刹降世，将世间颠覆成万劫不复的寒冰炼狱，少林寺弟子慧海踏上了寻找降龙罗汉英雄之旅，青梅竹马的上官灵素始终陪伴守护、不惧未知不畏困难，助力慧海禅武合一破除心魔，参透少林精神，还苍生太平与生机。

雍正年间， 闽粤地区形势动荡，"天鹰帮"敛巨资广纳武林人士，为朝廷一大腹患。南少林也被吸纳其中。雍正决定派他最得意的两位皇子--三阿哥弘时、四阿哥弘历，一文一武、一明一暗兵分两路赶赴南少林，查办天鹰帮一事。雍正命两位皇阿哥出马，意在考察此二人谁可担当国家大任，继承帝业。而两位皇子更是机敏过人，深明雍正之用意。二人为取悦龙颜，呈功于雍正，便使出浑身解数查办天鹰帮与南少林。在此过程中，心狠手辣的弘时视弘历为眼中钉，多次派人暗下毒手，索取弘历性命，以除心头之患。 侠肝义胆的南少林俗家弟子方世玉出手相助，帮弘历逃过一次次劫难和迫害。二人遂结为好友。 而弘时在泉州暗中网罗闽浙总督张信德与其手下，结党营私。他以查办天鹰帮为名，大开杀戒，铲除异己。南少林的玄通方丈被其所迫害致死。弘时从此将自己送上不归路。方世玉也从此视弘时为不共戴天死敌。 弘历在查办天鹰帮的过程中，因有方世玉、洪熙官、侠盗赵大宏、江湖老千卓灵仗义相助，得以化解重重阻难，并渐渐查明弘时和张信德相互勾结的种种阴谋诡计。弘历也发现方世玉之父方德只是天地会手中的一颗棋子，而天地会因作为天地会名誉堂主之一的方德已无利用价值就对其下毒手，此时方世玉为救其父，冒着九死一生的危险杀出南少林之木人巷，从法场劫走方德。弘历被方世玉与方德之间真挚的父子之情而打动，网开一面，允许方德隐居荒岛，从此远离世事。 同时李梦麟得知弘历乃当朝皇子的真实身份，陷入艰难的抉择之中。而弘历也得知他的心上人李梦麟就是天鹰帮的"特使"，亦使弘历陷入深深的痛苦之中。李梦麟天真的以为将父亲早先扣留的财物献于天地会能免于一死从而与弘历在一起，却被师傅认为是叛徒而灭口，她用自己得生命捍卫了她与弘历之间的这段真情，也将自己从痛苦中解脱出来。 在"天鹰帮"之事水落石出之际，由于南少林难脱其咎。弘历决定火烧南少林，此时，方世玉誓言无论怎样都将与南少林生死与共。就这样，一对情同手足的兄弟，对峙于南少林山门之下…… 最后，方世玉和弘历联手粉碎了弘时和张信德勾结倭寇窃取南少林镇寺之宝的企图，并粉碎了敌人分裂祖国、破坏民族团结的阴谋。 本剧是描写少林和尚方世玉从一个天真浪漫的少年成长为一个民族英雄的感人故事。 表现了方世玉的聪敏机变，神勇无敌。歌颂了他爱憎分明，深明大义，为维护祖国统一、安定和平，前仆后继不怕牺牲的民族主义精神和爱国主义精神，也歌颂了他和卓灵、张小莹之间纯真美好的爱情。