清朝年间，少林与武当都拥有极多高手。少林以反清复明为志，武当派则甘作满清鹰犬，因而两派处于敌对局面。旗人青年童千斤（罗莽），因自幼是孤儿，遭受同族欺侮，故对族人怀恨极深，投身少林寺习武。他联络同门师兄弟胡惠乾（江生）等进行反清复明工作。武当派高手为了对付少林弟子，亦派出门下弟子分批下山，与童相遇掀起一场又一场的打斗……

明朝末年，武当派数位高手相继遇害。时隔多年，凶手仍然是个谜。当昔日遗孤——当俗家弟子耿玉京已长成翩翩少年时，与前来比武的东方亮不打不相识，成为…

元末，群雄并起，天下大乱。武当为长春真人邱处机百岁办祈福大典，皇觉寺和尚朱元璋、义军首领郭子兴的养女马芝兰、富家女沈蓉来到武当，与邱处机俗家弟…

张三丰太极十三式名震江湖，武林群雄云集武当，沐驸马趁乱骗去前朝成吉思汗赐予武当的“薛禅金刀”，因相传金刀中秘藏有藏宝图。另一方面，西域女子十二乐坊欺人太甚，迫不得已之时张三丰再度出手，力挫来敌以保武当颜面……

大学历史系研究生沐天亮与林如亦为了写毕业论文一起上武当山考察，不想却陷入以庞天龙为首的盗墓集团设下的陷阱中，意在用其家传宝玉打开武当山上明朝建文帝宝藏之大门。 原来在永乐初年，沐天亮的先人云南侯沐昕与逃亡公主朱雪儿密谋为废帝朱允炆复辟，沐昕与无党派掌门李素希商策，决定进京刺杀朱棣，朱雪儿也混进宫中，湘王朱柏高密，朱棣亲率大军围困武当山。三十万大军搜山无果，朱棣恼怒之下欲放火烧山。朱允炆见大势已去，遂立誓在武当终身修道，从此不屡凡世。朱棣下旨还他一个云中的故宫，就此开启北建故宫南修武当的浩大工程。 随着探宝的深入，沐天亮终于觉察庞天龙的险恶用心，为保护先人坐化之地不受侵扰，他与如亦联手对抗庞天龙一伙，俩人于几经生死中产生了真爱，终感悟到几百年来道家“担当”之大义。

一个台湾柔弱少年从小失去父亲，对武术比较向往，想当大侠，后来遇到了一个从武当来到台湾的老师，告诉他说世界上最好的武术在武当，妈妈便辞职带他到武当习武。在习武的过程中，柔弱少年被查出得了罕见的进行性肌肉骨化症(FOP)，少年已深深热爱上武当，拒绝返回台湾，继续留在武当学习武术，并且热心帮助在武当认识武校的家庭贫困的小朋友。后经中央电视台报道，全球华人给得了重病的少年捐款，少年临死前嘱咐妈妈，把所有的捐款拿去帮助当地有困难的小朋友及他的同学们。

以道教圣地武当山为背景，讲述由金阳、蓝岳、朱焰、沐橙、紫璐、绿柳、青绘组成的七彩少年团队的故事，他们来自世界各地，都是具有道家潜质的英才少年。机缘巧合他们再武当山太极学院中相遇、相识，在太极学院的学习过程中，围绕武当仙宝“千年水滴”的争夺发生了一系列惊心动魄的故事，武当虹少年在静虚校长及老师的帮助下，与影山集团展开了机智勇敢的斗争。

《武当虹少年2》延续第一季的剧情，讲述了七少年打败影山尊者后的故事。相比于第一季，第二季的故事采用了更加高超的3D技术制作，在画面和故事设计上都更加精美。