在天狼星6B 杀人机器屠杀人类事件的13年后, 某搜救小组接收到来自天狼星的讯号 , 这意味著多年后奇迹生还的人类? 还是变种的杀人机器演化为更恐怖的世代? 又或者是半人半械的混血物种要来完成消灭人类的大业?

故事发生在遥远的2078年，矿业组织NEB在天狼星6B行星上发现了名为“Berynium”的元素，该元素蕴含着巨大的能量，可以用来充当能源使用。组织派遣了一批矿工前往行星进行能源开采，然而工人们很快就发现，Berynium拥有强烈的放射性，根本不适合使用。 虽然矿工们强烈要求停止任务，但组织却不为所动，无奈之下，矿工们自发的组成了“联盟”，和组织之间开始漫长的对抗。为了抵挡组织的猛烈攻击，联盟研制出了小型机器人“Screamer”，它拥有敏捷的身手和强大的攻击力，给敌方造成了巨大的伤害。然而，联盟并不知道的是，在不知不觉间，机器人们已经进化出了自我意识，想要成为这颗星球上的主宰者。

垄断了星际矿业的NEB组织在天狼星6B行星上建立了采矿基地，开采放射性元素“berynium”以解决能源危机。由于“berynium”导致致命的放射性污染，矿工们组成“联盟”要求停止开采，由此与NEB展开了长期战争。NEB用威力强大的炸弹轰炸“联盟”，联盟则躲在坚固的地下堡垒中，开发出“screamer”阻挡NEB的地面进攻，双方陷入长期对峙。

特德·安杰洛，一位作家，在哥伦比亚丛林意外撞见一艘UFO。本想把这惊天发现公之于众，却招来超乎寻常的麻烦：CIA、KGB、黑帮、纳粹，甚至外星人，全都对他穷追不舍。这些外星人可不想乖乖回家！

在地球表面以下五英里，是一组在自我孤立的工作，DNA完善了一系列的实验，可以真正地改变世界的科学家。当只有一个这些实验都被打乱，它释放了近不朽的生物 - 一个瞬间能够再生，并且与活着的肉体，一个贪得无厌的胃口。不久，没有什么可以包含生物，并与实验室的生命支持系统迅速关闭，科学家们严肃地对他们的最终争斗做准备

太空船女英雄蕾普莉（西格妮·韦弗饰演）是首次探险任务的唯一生还者，却一直处于冬眠状态中。直到被救援队发现接回地球，苏醒时已过了57年。此时，已有人类移居当初那个不知名的星球，但是该星球却突然跟地球失去了联络。蕾普莉只好率队重返，发现异形成群出现，杀伤威力比以前更强。蕾普莉清楚异形物的底细，知道只有用核弹才能把它们毁灭，可是人类已经在星球上建立了殖民地，她必须寻求其他方法对付怪物……

一个邪恶的生育实验创造了一代扭曲的孩子。 一个无情的女人在破坏这些突变的婴儿之前已经做好了这件事，摧毁了这个世界！ 一个母亲和她唯一的朋友在爱之间被撕毁了这个变形的人的排斥，并准备为了生存而战，但这个宝宝不需要爱。 它被编程为不惜一切代价生存。

蕾普莉（西格妮·韦弗 Sigourney Weaver 饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！ 期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。 果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动。 又一场腥风血雨的战斗展开了！

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在《异形魔怪》第一集中逃过虫吻的硬汉厄尔（佛瑞德华德）与柏特（麦可葛罗斯）再次携手合作，加上美丽的地质学家（海伦薛佛），三人一起对抗这只邪恶的地心怪物，好将它们永远消灭，他们最后能成功吗？