本片将以软科幻的形式去描绘未来中国社会风貌尝试创作一种中国本土化的民间科幻电影，利用多种影像制作技术，结合“忒修斯之船”悖论，展现关于对未来后人类主义的思考。

警察佐野文吾因杀人事件被逮捕并判处死刑，然而佐野坚称自己无辜。31年后，佐野的儿子田村心独自展开调查，来到曾经的案发现场时忽然被浓雾包围，回到了…

《忒修斯的船》由三个看似互无关联的独立故事组成。 第一段，一个盲人少女摄影师，在盲人状态时成功举办了个人影展而出名，却在移植角膜恢复视力后找不到摄影的灵感。 第二段，抵制动物实验的僧人，因为肝硬化而面临肝移植或者死亡的选择——而移植手术本身正是基于他所反对的动物实验。 第三段，原本只关心钱的青年，在自己做完肾脏移植手术后无意中知道了医院和社会上存在的肾脏交易，以及一些“偷肾”的行为。而他也因为这个意外的发现而开始了很多无关金钱的社会活动。 而在本片结尾处，第三个故事的主人公受邀参加了一个特殊的影片放映会——参加者都是接受过器官移植的病人，而且他们的器官来自同一个捐献者。于是我们看到了，前两个故事里接受角膜移植的女孩和肝脏移植的僧人也出现在这里。他们共同看的片子，是捐献者本人生前拍摄的一段岩洞探险视频，深邃的岩洞，却如浩瀚的宇宙般神秘壮丽……

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前军事飞行员沙波什尼科夫正在调查 1998 年一架客机失踪案。案件在当下意外发展，失踪航班的一名乘客与家人联系。安娜是一名记者，参与了此案，她亲眼目睹了这个神秘的故事。

毫不妥协的记者安娜在遇到一位有影响力的陌生人后，发现自己正在领导一项不寻常的调查。物理老师瓦迪姆和相机技师尼基塔帮助她揭开一系列神秘的谜团。

实验摄影师、烦恼的僧侣、年轻的股票经纪，风马牛不相及，却交织出一个巨大的网络，探讨身份、公义、美丑、意义和死亡的重大问题。

伊萨卡岛国王奥德修斯历经20年特洛伊战争后，终于回到了熟悉的故土。然而，他却发现自己的王国已被侵略势力肆意践踏。面对如狼似虎的敌人，他能否成功夺回妻子、儿子以及属于他的国土呢？