在被选召的孩子们首次踏入数码世界的6年后，时间来到2005年。某一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下轻轻摇曳。17岁的高中生八神太一像往常一样，伸手按停闹钟，踢开杂乱的被子，一边小声嘟囔一边伸展四肢。他拉开窗帘，阳光洒在桌上那张“那一天”的集体照上。随后，太一骑上自行车出门，奔向那片初夏的蓝天。 不久后，古加兽出现在人类世界并大肆破坏。亚古兽重新现身，与伙伴们一同战胜了3只古加兽。原来，数码世界的数码兽被感染，它们来到人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。自从阿尔法兽出现后，东京御台场的修复工作在逐步推进。为了欢迎新伙伴望月芽心，让她感受到伙伴间的羁绊，回到东京的美美邀请伙伴们和数码兽们前往温泉主题公园洗浴。不过，由于即将面临考试，城户丈没能参加这次聚会。 就在这时，受感染的数码兽奥加兽出现在御台场。芽心和缅因猫兽看到电视直播中奥加兽的破坏情况后，决定采取行动，向人类展示数码兽的友善。但她们忽略了对方带回自己的意图，意外的结果随之而来。阿丈和美美都各自面临着烦恼，在高中节日这天，一个男人出现在他们面前。 缅因猫兽突然变异，杀害了狮子兽，这让太一等人陷入动摇。光子郎为了找出“缅因猫兽”感染的原因，努力探寻感染的征兆、时间以及应对之策。望月芽心急切地想知道原因，却毫无办法。她内心渴望缅因猫兽能记起自己，坚信追究感染原因很有必要，但无人能解答她的疑问。 为防止其他数码宝贝被感染，光子郎关上了自己办公室唯一的门。然而，其他地方还是出现了感染迹象。同时，亚古兽们通过小光的声音将一个重大秘密告知了数码宝贝世界。太一等人对此十分愤慨，在各自想法的碰撞中，他们做出了自己的决定。缅因猫兽暴走后进行了重启，它的离开让芽心痛苦不已，太一他们则留下芽心，再次前往数码宝贝世界。

被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。 2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。 17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。 不久，古加兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只古加兽。原来数码世界的数码兽被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。 现在，冒险再一次进化。

缅因猫兽突然发生变异，杀害狮子兽，使得太一等人产生动摇。 “缅因猫兽”的感染，使得光子郎想寻找到原因。感染有什么征兆？是在什么时候呢？有什么对策吗？为了这一切的答案，光子郎努力的工作着。 望月芽心想要急切地知道原因，但是也没有什么有效的办法。芽心内心急切地希望缅因猫兽能够想起她，她相信追究缅因猫兽感染的原因是有必要的。但是谁也回答不了芽心的疑问。 为了防止其它数码宝贝感染，光子郎关上了自己办公室唯一的大门；但在其它地方，感染的迹象开始显现。同时，亚古兽们通过小光的声音把这个重大的秘密告诉了数码宝贝世界。 时间······，渐渐临近···· 在缅因猫兽战斗时，一个点到来 太一他们愤慨秘密被告知他人，在各自想法的交错中，他们有了自己的决定。 等待的话，总有一天人类会变成大人的 现在，冒险再一次进化。

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 “回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……

缅因猫兽发生暴走，然后在这种情况下进行了重启。 缅因猫兽的离开让芽心异常苦恼，太一他们则留下芽心重新来到了数码宝贝世界。 在这里，他们和数码宝贝重聚，但数码兽们已经失去了记忆。 尽管如此，他们将再次建立联系，太一他们向数码兽们伸出了友谊的双手，数码宝贝们也回应着。 然而只有比丘兽进化到了成长期，但是在成长期时却显露出了警惕心 「都说了我不记得以前的事啊！」 武之内空向来关心别人多与自己，比丘兽此时对她却反而产生了不信任感 受伤的空停下脚步，太一和大和都不知如何安慰她。 数码世界今后该怎么办呢？ 由此，大家进行了协商。这时，突然出现了缅因猫兽的身影，随后又消失了。它为什么会留着原来的记忆，一边流泪，一边寻找芽心。 看着缅因猫兽的身影，大家坚定了要环游数码宝贝世界，救它的决心。但是，在他们面前，那个带走缅因猫兽的黑暗家伙又出现了。 就在这个时候，现实世界得西岛收到了姬川失踪的报道。 他调查了姬川到现在为止所有行为的背后，确认了她背后还隐瞒了某个目的。 而这连接着决定两人命运的过去发生的事情…… 现在，冒险再一次进化。

看见作为同伴的望月芽心被拥有着玄内样子的谜之男人伤害了，缅因猫兽再一次暴走。「你是不应该诞生的...」在现实世界消失了的缅因猫兽，正式这扭曲的…

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2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！

数码宝贝大冒险2020动画全集为该系列完全新作动画，于2020年4月起开播，主角为小学五年级的八神太一和亚古兽。 「数码宝贝」系列在2019年迎来了20周年纪念，而此次的新作动画就是作为其总结而诞生的。本次的新作动画将从2020年以首都为中心爆发大规模网络故障开始，居住在东京近郊、准备参加夏令营的小学五年级生·八神太一，在得知母亲和妹妹搭乘了无法停止的电车后，想要帮助她们的太一在前往涩谷时进入了网络对面的数字世界，与其他被选中的孩子们一起开始了这场未知的冒险。