视少林寺为眼中钉的清政府,利用安插在少林寺的探子提供的情报,派各路高手火烧少林寺,处心积虑想要一举消灭少林弟子。事发突然,寺内僧俗弟子经过仓促打斗,十有八九死了。
幸存下来的方大洪(孟非饰)逃往广东与李世开(齐冠军饰)商讨如何继续抗清、恢复大明王朝。皇帝胡德(姜大卫饰)、蔡德忠(狄龙饰)、马超兴(傅声饰)等人北上中原,千方百计寻找寺内叛徒,决心为死去的少林弟子报仇。——五人曾经对少林功夫心生怀疑,后来才知道,少林功夫也怪不得少林。他们只抱怨自己学的不好,于是便潜心修行,终于取得了成就,被后人称为“少林五祖”。