明朝中叶，宦官专权，东厂总督曹少钦杀害兵部尚书杨宇轩，并想借追杀其后代的方法诱捕杨宇轩旧部周淮安。侠女邱莫言救出杨家遗孤，女扮男装一路逃至边关沙漠，于龙门客栈内与周淮安会合。

明朝景泰年间，宦官专权，大太监曹少钦主持东厂，上挟天子，下令百官，为虎作伥，陷害忠良。他杀害兵部尚书杨宇轩，为将杨的部下一网打尽，故意将杨的一双儿女流放边关。杨宇轩的部下周淮安为救忠良之后，结识了江湖侠女邱莫言，他俩一起住进了“龙门客栈”。该店实为一家黑店，店主金镶玉是个心狠手辣、风情万种的女人，专干杀人越货的勾当。随着东厂三档头贾廷等人的到来，“龙门客栈”一时间成了东厂与周淮安、邱莫言和金镶玉格斗的场所。最后莫言悲壮而死，周和金终于杀死曹少钦，救出两个孩子。最后金镶玉火烧龙门客栈，随周而去。

明朝末年，东厂督公魏忠贤权倾朝野，自号“九千岁”，草菅天下苍生万民性命。御林军总教头周淮安与侠女邱莫言携手作战，还暗地与早有匡扶朝纲的信王朱由检订下合作之盟，伺机对付魏忠贤，魏获悉机密，欲先对付信王，信王不得已只好施计出走皇宫，与周、邱众侠士相约于大漠龙门客栈会面，另图反击大计。魏忠贤调派大军追杀信王，直捣龙门客栈，其时，周淮安众人正困于客栈女当家、黑道煞星金湘玉的股掌里，金湘玉乃名闻大漠的女中豪杰，为人半正半邪，行事只凭己意，不顾礼节规范，周怀安落在金湘玉手里，初时不为注意，随意安置客栈内；其后，周怀安遇红颜知己邱莫言，邱亦出身名门，与周怀安同属世友，二人相遇後，更加唇齿相依。此时金湘玉才得以目睹周怀安真正的才貌，心头一动，为之倾心。周怀安夹身於邱莫言、金湘玉二人当中，深受美人恩情难以消受知苦。龙门客栈一役，周怀安与年少知己常言笑重逢，俩人最初都抱著一份打倒东厂的理想，但潜伏在东厂当卧底的常言笑，却逐渐被权势的诱惑所侵蚀，成为一个比魏忠贤更具野心的东厂督公；而登上皇位的信王朱由检却对劳苦功高的周淮安产生怀疑之心，深恐周淮安功高盖主，复加上感情上的挫败，使他对周淮安生出怨恨；周淮安在金湘玉、邱莫言二女的情网中愈渐难以抽身，面时重重困难，阵阵疑云，这几名曾经出生入死，洒血挥泪的战友将要如何冲出迷阵，突破死地？

明朝万历年，倭寇联合朝中奸细陷害兵部尚书邱大人全家，唯小女儿邱莫言被江湖侠客周淮安救下，邱大人临死前将明朝海防布防图交予女儿，希望等朝中清明之时将这关乎明朝安危的布防图托付给能担大任之人。倭寇为了得到布防图在江湖上追杀周淮安、邱莫言二人，朝廷也将二人列为天字第一号通缉犯，为了布防图和邱家后人的安危，周淮安找到了龙门客栈老板娘金镶玉帮忙，金镶玉为了心中挚爱将布防图藏在客栈之中，将客栈改成一艘龙船隐藏于江湖之外，在合适的时机到来之前保护好布防图，可没想到邱莫言无意间落入倭寇手中，与此同时朝廷也派出了破案高手徐宜来到船上捉拿周淮安、邱莫言，几股势力为了各自的目的在这艘诡异的龙船之上展开了殊死争斗。

明朝中后期，内有宫斗，外有海禁。由于夺位之争，最小的皇子逃出京城，开始流亡之路，引来东厂势力的追杀。前锦衣卫周淮安受命保护小皇子。东厂得到消息…