故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各自生活的主角群们，再次的卷入风波中……

时间是FF7结局陨石撞击Midgar的两年后。人们在几乎成为废墟的Midgar周围新建了一个条大街取名“Edge”。神罗公司不复存在，人们也终于了解到过度开采魔晃能源带来的危害有多么巨大，开始寻找新的对星球无害的能源。 　　正当人们努力重建家园的时候，人群中开始蔓延一种名为“星痕症候群”的不治怪病，一说是愤怒的星球对人类的惩罚，真的是这样的吗？ 　　Tifa战后在Edge重开了她的酒吧Seventh Heaven，同时照料着一群患“星痕症候群”的孤儿。 Cloud离开朝夕相处的同伴开了一家运输公司独自一人行动，在某一天他遇到了3个叫他“哥哥”的神秘黑衣人，白发绿眼似曾相识，他们的目的只有一个——寻找“母亲”Jenova的头部完成Reunion复活Sephiroth。对Aerith牺牲强烈的自责感和“星痕症候群”的不断发作使Cloud在战斗中越发吃力，而突如其来的一场小雨治愈了Cloud的星痕症，冥冥中Cloud仿佛听到了“她”的鼓励声，终于振作起来的Cloud面对复活的Sephiroth使出了他的最强技——超究武神覇斬ver.5…… 　　教堂中从地低冒出的水拯救了所有的病人，没人能解释这股水是从哪来的——其实也不需要解释，是的，只有“她”，谢谢你，Aerith。