故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各自生活的主角群们，再次的卷入风波中……

时间是FF7结局陨石撞击Midgar的两年后。人们在几乎成为废墟的Midgar周围新建了一个条大街取名“Edge”。神罗公司不复存在，人们也终于了解到过度开采魔晃能源带来的危害有多么巨大，开始寻找新的对星球无害的能源。 正当人们努力重建家园的时候，人群中开始蔓延一种名为“星痕症候群”的不治怪病，一说是愤怒的星球对人类的惩罚，真的是这样的吗？ Tifa战后在Edge重开了她的酒吧Seventh Heaven，同时照料着一群患“星痕症候群”的孤儿。 Cloud离开朝夕相处的同伴开了一家运输公司独自一人行动，在某一天他遇到了3个叫他“哥哥”的神秘黑衣人，白发绿眼似曾相识，他们的目的只有一个——寻找“母亲”Jenova的头部完成Reunion复活Sephiroth。对Aerith牺牲强烈的自责感和“星痕症候群”的不断发作使Cloud在战斗中越发吃力，而突如其来的一场小雨治愈了Cloud的星痕症，冥冥中Cloud仿佛听到了“她”的鼓励声，终于振作起来的Cloud面对复活的Sephiroth使出了他的最强技——超究武神覇斬ver.5…… 教堂中从地低冒出的水拯救了所有的病人，没人能解释这股水是从哪来的——其实也不需要解释，是的，只有“她”，谢谢你，Aerith。

现年24岁的OL江藤良香（松冈茉优 饰）是一名普普通通的单身女性。她日常爱好是上网检索已灭绝生物的相关信息，网购得到菊石化石时就能让她高兴半天。这个恋爱经验为零的女子，心中始终埋藏着一份青春时代的美好。中学时代她暗恋同学一宫（北村匠海 饰），许是对往日的怀恋，让她的爱情之花迟迟未能绽放。这一日，与良香在同一间公司的雾岛（渡边大知 饰）居然跑来向她表白。受宠若惊之余，良香竟也不知该如何面对即将发生的一切。在经历了一次意外事故后，良香摸出一个念头，那就是“死之前再见一次一宫”。为此，她假托其他同学之名召开了同学会，期间不可避免冷落了雾岛。当她顺利见到一宫后，真是使出浑身解数和对方说话，并约定到了东京后再度见面。愿望很美好，现实太残酷。等待良香的将是意想不到的冲击……

小爱和小优的父母——早川夫妇，是研究异界的博士。在某天早川夫妇俩去了异界后就再没有回来了。于是，久等父母未归的小爱、小优就乘上通往异界的地铁，往异界进发去了……在地铁上遇到的理沙，知道小爱和小优去异界是为了寻找他们的父母。决定与他们一同出发，保护他们俩……黑色的风，神秘的男子，手中的魔枪，是破坏世界的武器还是……白色的云，仍是谜样的男子，手中的剑，是敌人还是……可怕的伯爵和他的手下——四将士，究竟还有多少的阴谋？欧美加——这强大的力量，它四处散落的碎片最后会怎样呢？混沌——最后真的会吞食所有的一切吗？我是法菲德，异界的导航者。而这里将要开始的是最终幻想——无限！

【《最终幻想9》将推出动画版】知名游戏《最终幻想9》宣布将被改编为动画，动画制作由法国工作室Cyber Group Studios负责，目标受众为8至13岁的儿童。

游戏Final Fantasy V的后续故事 发生200年以后 共分“风”“炎”“龙”“星”四章

《最终幻想15》衍生动画《最终幻想15：兄弟》，讲述了和游戏、电影（《最终幻想15：王者之剑》）角度都不同的另一个故事，描述了游戏中登场的几个主要角色间的羁绊，聚焦于主角和同伴少年时代的故事，通过这四个同伴的故事描绘《最终幻想15》的广袤世界。