某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。

由“黑色”裁决“黑色”——　　德国，加拿大，以及伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！　　目标的共同点是？组织的目的是？…

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

8月15日，夏，双宝町新建的“珠宝美术馆”收到了怪盗基德的预告函。基德预告将要偷走美术馆重要展品——价值数十亿日元的钻石“天狼星之泪”。毛利和中森警部开始监视情况。另一方面，柯南追缉一名可疑中年男子至废弃大楼楼顶，却被对方用钝器殴打、失去意识。距离预告时间只剩下10分钟了，柯南等人能够守住“天狼星之泪”吗？

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以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。

高中毕业典礼晚上，三个好友群聚，酒酣耳热之际，有人提议分享一个不为人知的秘密，而没有秘密的人，这个晚上就要想办法创造一个⋯⋯

女人每天下班，都是先坐地铁，在地铁里玩着无聊的游戏，然后再坐老公的车回家。这天，她和往常一样，但是出了地铁，老公竟然还没到，她给老公打电话，但总是无法接通。月黑风高，寒风刺骨，她感觉到在哪个阴暗的角落，有个人影一直在盯着她。她害怕不已，走向不远处的公交车站。这时，突然角落里的人影冲向她，竟像她老公一样质问她，跟她拉扯，还把她的电话打掉在地上。她求助，但是路人都不相信她。她最终被拉进一个车里，消失在茫茫黑夜中。

西元二○二一年，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，被驱逐至狭窄的领土，带着恐惧与绝望苟且偷生。 至此过了十年，人类在能控制原肠动物病毒的少女们“受诅之子”力量下得以找到对抗怪物的最后希望，然而过去的伤痛却使两者之间出现难以填平的代沟，看似得到和平的人类社会正悄悄变质，暗潮越见汹涌。 居住于东京的高中生少年里见莲太郎，是一位专门对抗原肠动物的“民警”中其中一份子，与自己的搭挡蓝原延珠一起从事许多危险的工作，就在某天接获政府的特别命令，内容竟是避免东京毁灭的高度机密任务……