《武当虹少年2》延续第一季的剧情，讲述了七少年打败影山尊者后的故事。相比于第一季，第二季的故事采用了更加高超的3D技术制作，在画面和故事设计上都更加精美。

以道教圣地武当山为背景，讲述由金阳、蓝岳、朱焰、沐橙、紫璐、绿柳、青绘组成的七彩少年团队的故事，他们来自世界各地，都是具有道家潜质的英才少年。机缘巧合他们再武当山太极学院中相遇、相识，在太极学院的学习过程中，围绕武当仙宝“千年水滴”的争夺发生了一系列惊心动魄的故事，武当虹少年在静虚校长及老师的帮助下，与影山集团展开了机智勇敢的斗争。

一个台湾柔弱少年从小失去父亲，对武术比较向往，想当大侠，后来遇到了一个从武当来到台湾的老师，告诉他说世界上最好的武术在武当，妈妈便辞职带他到武当习武。在习武的过程中，柔弱少年被查出得了罕见的进行性肌肉骨化症(FOP)，少年已深深热爱上武当，拒绝返回台湾，继续留在武当学习武术，并且热心帮助在武当认识武校的家庭贫困的小朋友。后经中央电视台报道，全球华人给得了重病的少年捐款，少年临死前嘱咐妈妈，把所有的捐款拿去帮助当地有困难的小朋友及他的同学们。

张三丰太极十三式名震江湖，武林群雄云集武当，沐驸马趁乱骗去前朝成吉思汗赐予武当的“薛禅金刀”，因相传金刀中秘藏有藏宝图。另一方面，西域女子十二乐坊欺人太甚，迫不得已之时张三丰再度出手，力挫来敌以保武当颜面……

元末，群雄并起，天下大乱。武当为长春真人邱处机百岁办祈福大典，皇觉寺和尚朱元璋、义军首领郭子兴的养女马芝兰、富家女沈蓉来到武当，与邱处机俗家弟…

大学历史系研究生沐天亮与林如亦为了写毕业论文一起上武当山考察，不想却陷入以庞天龙为首的盗墓集团设下的陷阱中，意在用其家传宝玉打开武当山上明朝建文帝宝藏之大门。 原来在永乐初年，沐天亮的先人云南侯沐昕与逃亡公主朱雪儿密谋为废帝朱允炆复辟，沐昕与无党派掌门李素希商策，决定进京刺杀朱棣，朱雪儿也混进宫中，湘王朱柏高密，朱棣亲率大军围困武当山。三十万大军搜山无果，朱棣恼怒之下欲放火烧山。朱允炆见大势已去，遂立誓在武当终身修道，从此不屡凡世。朱棣下旨还他一个云中的故宫，就此开启北建故宫南修武当的浩大工程。 随着探宝的深入，沐天亮终于觉察庞天龙的险恶用心，为保护先人坐化之地不受侵扰，他与如亦联手对抗庞天龙一伙，俩人于几经生死中产生了真爱，终感悟到几百年来道家“担当”之大义。

去年圣诞节夏树被女友甩了。当他痛哭流涕时，一位圣诞装扮的女生递给他纸巾，于是夏树把手里的围巾 （原本打算送给甩他的女友）给了她。后来他们也没再见过，但夏树没想到她和自己同校，而且还带着他送的围巾...... 夏树，智也，惠一，刚是总聚集在一起的青谅高中男子4人组。不参加部活，学习也草草了事，快快乐乐地过着每一天。 那样的4个人眼下最关心的事，果然还是恋爱！单恋着别班的杏奈的夏树受到了大家的欺负却依然在努力奋斗中。

小夏（佐野玲于 饰）、松仔（中川大志 饰）、刚亲（高杉真宙 饰）和惠酱（横滨流星 饰）是高中同窗，虽然他们的性格迥异，但彼此之间的感情非常的要好。小夏喜欢上了班上名叫杏奈（小早川杏奈 饰）的女生，他将自己的这段青涩的单恋告诉了兄弟们，另外的三人积极的为他出谋划策，却屡屡闹出笑话。 　　在此过程中，松仔喜欢上了杏奈的好友茉莉（恒松祐里 饰），可是茉莉是一个非常讨厌雄性生物的女孩，这让松仔感到非常苦恼。与此同时，刚亲即将和交往已久的恋人幸喵（堀田真由 饰）开启异地恋模式，不安全感深深的影响了两人之间的感情。

大学毕业在即，四个昔日同窗好友与他们的家庭虽各有困扰，但都在奔向幸福的路上努力前行。林妙妙 （ 赵今麦 饰）临近毕业，在留学与择业之间举棋不定，但在父母与朋友的陪伴下，她勇往直前，收获满满。 林大为 （ 张嘉益 饰）事业升级，开启社区乐龄中心。 王胜男 （ 闫妮 饰）在林大为的鼓励下，也投身养老行业，找到事业又一春。钱三一 （ 郭俊辰 饰）暗恋妙妙多年，虽然母亲对他的感情颇有微词，但尝试着做回自己的钱三一也努力争取着家人的支持。江天昊 （ 姜冠南 饰）在创业路上一波三折，年轻气盛让他也走错过路。但经历低谷、幡然醒悟的他在家人与朋友的支持鼓励下重启了征程。邓小琪 （ 韩沛颖 饰）的理想是成为一名优秀的演员，但母亲 邓心华 （ 黄曼 饰）却有着不同的想法，在追寻艺术道路上坚持不懈的她最终也完成了美丽的成长蜕变。成长过程中考验重重，少年们依旧不忘初心，在家人和朋友的陪伴下奋力前行。

来上海打工的无名之辈阿娟，为了赚钱给父亲治病，同意代表没落的传武拳馆参加“上海格斗之夜”武术比赛，为此他必须战胜所有的高手、偏见和自己。