九岁的信雄家住在一条浑浊的河边，父母在河边开了一个小饭馆，来此吃饭的多是一些苦力。信雄认识了一个名叫喜一的小男孩，是前一天才乘船顺流而下到达这里的，一家人住在废船改装成的小船上，其母笙子是一名娼妓。傍晚时分，喜一和姐姐到信雄家玩，被两个进来吃饭的船工认出了他们是娼妓船上的孩子。信雄和父亲去了一趟京都，回家后才知道信雄的父亲死了。天满节这天，信雄爬到了后舱的窗下，看到一个男人正趴在喜一的母亲身上，他吓坏了。笙子也目瞪口呆。信雄哭泣着离开了，第二天喜一家的船也开走了。望着远去的小船，信雄的心中悲痛万分。

大自然源源不绝的淡水资源，竟正在以惊人的速度消失。作为极限垂钓爱好者及生物学家的杰里米•韦德，他因调查动物世界中的河中巨怪神秘鱼类而闻名，这一次他将深入世界各地，探寻河流陷入危机的重要证据。他出发至亚马逊、恒河、密西西比、多瑙河、赞比西亚的江河脉搏，了解开采和污染是如何导致了，人类的命脉及大鱼们的家园遭到破坏。

南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”，逐渐锁定了真凶，并发现了背后的巨大阴谋。最终，宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。