日向雏田的妹妹花火遭到不明身份之人绑架。为了救回花火，阻止地球被毁灭，鸣人、雏田、小樱、鹿丸和佐井奉命前去调查舍人的真身。在此过程中，鸣人意外知晓了雏田多年来对他的心意。

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西等人则负责侦查空之团的老巢，漩涡鸣人、春野樱、日向雏田受命组成三人医疗小队，协助名医神农前往其徒弟的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命宇智波佐助前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。

漩涡博人是木叶村第七代火影漩涡鸣人的儿子，父子间充满了误会。听过鸣人的英雄事迹后，博人一心希望超越他的父亲。在宇智波佐良娜的帮助下，博人拜师宇智波佐助，并参加了下影的考试。不料考试途中，神秘反派突然发动袭击，鸣人为了保护木叶村陷入危机，博人开始重新认识这个父亲。

曾经有一群魔物差点毁灭了世界，但在紧要关头被巫女弥勒封印。而如今，这群魔物借幽灵大军的幸存者——黄泉而再次复活。这次鸣人的任务是：保护被魔物们盯上的鬼之国的巫女——紫苑。紫苑预测出鸣人将被胸部贯穿而死，但鸣人依靠着自己不服输的信念与紫苑的帮助成功克服了预言，击败了魔物。

为了追踪叛忍百足，五代目火影网手命令大和率领小樱、鸣人、佐井等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。几人穿越到过去与波风水门联手打败百足、，拯救了楼兰古国。

第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧。与之相对，壁花小姐日向雏田则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱、鹿丸和佐井奉命前去调查舍人的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意……

长达十五年的宏伟组曲，终于迎来圆满落幕的重要时刻。而在此之前，仍有一段华彩篇章不容错过——　　 第四次忍界大战已经过去了两年，木叶村迎来冬季的盛典“轮回祭”。人声鼎沸，祥和喧嚣，忍者世界步入难得而珍贵的和平年代。经过连番艰苦战斗的洗礼，漩涡鸣人(竹内顺子配音)不仅成为足以担当保卫家园重任的英雄，更成为无数女孩们心仪亲昵的对象。而长久以来一直在鸣人背后默默注视着他的日向雏田(水树奈奈配音)，虽然亲手织下了投注无限爱意的围巾，却依旧无法鼓足勇气将礼物送给对方。面对这个正被无限光辉所包围的心上人，她所做的只有转身离开。无奈此时，神经大条的鸣人依旧不明了雏田的心意。　　就在此时，新的危机袭来。月亮不知何时异常接近地球，在强烈刺眼的闪光过后，巨大的陨石坠落木叶村。在此期间，雏田的妹妹花火(浅井清己配音)遭到神秘之人劫持，雏田也险些落难，关键时刻幸亏鸣人出手相救。在此之后，鸣人、雏田、小樱(中村千绘 配音)、鹿丸(森久保祥太郎配音)和佐井奉第六代火影卡卡西(井上和彦 配音)之命出发营救花火，谁知竟在这一过程中落入对手所设下的迷梦陷阱。往昔的一点一滴交替在鸣人的眼前出现，而他在此过程中也终于知晓的那个女孩对他长久以来笃定不变的心意。　　大筒木一族的最后继承者(福山润配音)逐渐显露真身，而他也对鸣人等人做出了毁灭这个世界的可怕宣言。所有人以及这个地球的命运都面临着前所未有的巨大考验，这是火影忍者最后的故事，同时联系着一份最初的爱……

第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧，他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意……

距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着…

为追踪四名血继限界继承者的下落，春野樱、漩涡鸣人、卡卡西和佐井奉命前往目标可能出现的区域。但在岩隐村和草隐村交界的须弥山附近失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留呼的前木叶村忍者单方面宣战，他之前因修习鬼芽罗术而被逐出木叶，而今他企图集齐五个血继限界成为不死的完美忍者，进而发起第四次忍界大战。在此危急时刻，卡卡西感受到来自卑留呼的召唤，随即陷入危机、下落不明。失去了最重要的导师，鸣人、木叶村乃至忍者诸国面临前所未有的挑战……