在这部剧场版动画里面，犬夜叉和杀生丸兄弟两个将再次对绝！他们两个的父亲曾经留下了天生牙、鉄砕牙、丛云牙三柄以牙为名的宝剑，分别代表了天、地、人三界，而且拥有影响三界的力量，而今，第三柄丛云牙出现了！ 生丸和犬夜叉两兄弟继承父亲伟大的血统，从父亲那里承受了两把剑：铁碎牙和天生牙，但原来其实还有一把剑，就是传说中的丛云牙。第三把剑的传说就是：拿着那把剑的人，可以制理天下，和传说中的魔剑到处巡游。 赌上有血缘关系的兄弟生命，壮绝的战斗现在已开始了……

蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类、妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次。然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入，污染鸣动之窑，对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前，犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱，结果遭遇四斗神。在交战中，犬夜叉的力量被四斗神封印。 50年后，蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃出，遭到四斗神一路追杀，最后幸被犬夜叉一行救下。为了拯救岛上居民，犬夜叉、戈薇等人决定踏入蓬莱。另一方面，阿蓝的姐姐浅葱决定跳入窑中保全兄弟姐妹们的性命……

《犬夜叉》是根据日本漫画家高桥留美子所著同名作品改编的电视动画，故事讲述半妖少年——犬夜叉和穿越时空的少女——日暮戈薇，以及法师弥勒、驱魔师珊瑚、叉尾妖猫云母、小狐妖七宝一同对抗死敌奈落，并四处寻找四魂之玉碎片的冒险经历。

战国时代，大妖怪斗牙王与人类公主十六夜的儿子——半妖犬夜叉，因为自己半妖的身份受到人类与妖怪的排斥，为了成为真正的妖怪而想得到四魂之玉；而…

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在很久以前(大约在犬夜叉被封印之前的200年前)，中国大陆妖怪(忽必烈汗)的飞妖蛾率领妖怪军团攻打日本，当时由支配西国妖怪的犬夜叉的父亲迎战，经过一伦激战，犬夜叉父亲成功击退了他们，同时用自己的牙将飞妖蛾他们封印；但是当戈薇回到过去将犬夜叉之封印解除及不小心用箭将“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方，其中有一块碎片飞至飞妖蛾的妖怪被封印的地方，令飞妖蛾儿子玛瑙丸苏醒并继承父亲的妖力，于是他便找犬夜叉报仇。目的不是夺取“四魂之玉”，而是要狙击持有铁碎牙的犬夜叉(相信是玛瑙丸为报复犬夜叉父亲用他的牙封印飞妖蛾一事)。 当犬夜叉及戈薇等人像平时在寻找“四魂之玉”碎片的旅途中时，途中受到袭击，经常陪伴珊瑚的云母被玻璃控制；为救珊瑚而使出风穴的弥勒，竟然被琉璃复制“风穴”的能力，珊瑚和弥勒还差点被琉璃的风穴吸进去，幸好枫婆婆及时出现并要箭赶走她们…… 另外玛瑙丸却亲自找犬夜叉挑战，而且玛瑙丸手持的剑居然能令铁碎牙回复原状，犬夜叉经过几次打斗后竟然不敌被打倒，而玛瑙丸正想拾起铁碎牙时，却被它的结界所伤，于是便带走戈薇…… 戈薇被带至他们的巢穴，她更被玻璃用头上的玉与四魂之玉结合成一块红玉放在她的额头上。戈薇清醒后初时没有什么问题，直至犬夜叉救了她后，与及玛瑙丸取得新的力量后，戈薇整个身体被玛瑙丸控制，没有知觉的她竟然出手攻击犬夜叉与及用箭射他(重复桔梗用箭射犬夜叉封印在御神木上的历史！)后来戈薇回复知觉时才知道自己所做的一切，此时桔梗突然出现并责备戈薇，更将她推落食骨井令她永远不要见犬夜叉！ 到底犬夜叉会否真的被封印？戈薇能否回到古代？珊瑚与弥勒怎样去应付琉璃与玻璃呢？苏醒了犬夜叉能否打败新力量的玛瑙丸呢？

与宿敌·奈落的最终决战！ 50年前，设下圈套让犬夜叉和桔梗互相憎恨的因缘之敌：奈落。在那一战后，犬夜叉被封印，桔梗也因为重伤而死去……同样是因为奈落的诅咒，弥勒的祖父的右手被打开了风穴，随时都会有可能被吸入并代代相传；珊瑚居住的驱魔师之村，也是因为奈落的圈套，而一夜之间惨遭灭族之灾…… 即将集齐四魂之玉的碎片，妖力提升了的奈落，在犬夜叉他们的面前现身了！为了切断罪恶的因缘，犬夜叉、戈薇、弥勒、珊瑚、七宝的最终决战即将开始。 持续数日的满月之夜、竹取的封印被揭开…… 弥勒隐约记得，祖父曾经封印过一只极为恐怖的妖怪……与此同时，连续数日的满月之夜开始了。就在这个时候，神秘的女子——天空姬·神久夜（辉夜姬）出现在众人面前…… 封印被揭开了，梦幻城的大门终于开启。天空姬·神久夜的正体究竟是什么？现在，《竹取物语》所隐藏的“恐怖的辉夜姬”传说的全貌，即将为您展开！

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……

犬夜叉、戈薇、弥勒、珊瑚、琥珀众人随杀生丸等同行。杀生丸原本就对父亲将铁碎牙传给犬夜叉耿耿于怀，当领悟到父亲有意令冥道残月破融进铁碎牙时心中更是充满怨恨。正值此时，神无的白夜出现，将镜妖的碎片留下。杀生丸把碎片融入天生牙，随即生出足以和铁碎牙媲美的魔刀。虽然知晓奈落企图让他们兄弟厮杀，从中渔利，但恼怒之际的杀生丸还是向犬夜叉发起攻击。在“无尽的梦境”中，这对兄弟的厮杀旋即展开。正邪铁碎牙，孰将胜出…… 本片为少年周刊Sunday创立50周年特别篇，诸星当、拉姆、乱马、犬夜叉、戈薇等多部经典漫画角色一同登场。

故事发生在几十年才会出现在海上一次的传说之岛——蓬莱岛上，这里管事的是以龙罗为主的号称“四斗神”的兄弟帮派。在龙罗之下，有他二弟凶罗、三弟兽罗和四弟刚罗，在他们的统治下，岛上一片黑暗。不仅如此，在蓬莱岛上还囚禁着一群半妖小孩，四斗神对他们严加看管不许外出，但一个名叫小蓝的半妖少女想办法逃了出来并遇上了犬夜叉等人。与此同时，杀生丸也来到了蓬莱岛……到底杀生丸的目的是什么？岛上的半妖小孩们同四斗神是怎样的关系？蓬莱岛上有着众多的谜等着犬夜叉等人去探访。