日暮戈薇是一名就读初中三年级的15岁平凡少女。某天，她意外通过自家神社的枯井穿越到了500年前的战国时代。当时，到处硝烟弥漫，怪兽横行，世间万物一片废墟。戈薇在神树下邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，一心想成为真正怪兽的犬夜叉，为了获得四魂玉，结识了强大的灵族巫女桔梗。两人相处一段时间后，产生了感情。犬夜叉因此希望成为人类，而桔梗也打算净化四魂玉后回归平凡生活。然而，对桔梗心怀恶念的盗贼鬼蛛，将自己的灵魂和肉体献给了怪兽，转世为邪恶的半妖奈落。在他的教唆下，犬夜叉被桔梗封印在神树上，身受重伤的桔梗也在悲痛绝望中死去。
被桔梗转世的戈薇救下了犬夜叉，却不小心将四魂玉射成了碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及后来结识的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅程……
