垂拱元年，武则天携百官夜巡大运河，洛阳万人空巷，奔赴龙门，只为争睹圣容，没想到却在运河之中，遭遇龙形异兽冲撞龙船，洛阳百姓议论纷纷，认为是不祥之兆，武则天大怒，急召狄仁杰回宫彻查运河龙王一案，整个洛阳城风声鹤唳，人心惶惶。狄仁杰临危受命，抽丝剥茧，以此独有的智慧和人格魅力，不畏强权，不惧神鬼，不受诱惑，见招拆招，最终让真相水落石出！

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天授元年，民间精怪作乱、怪事频发。狄仁杰奉命暗查奇案，近日听闻降魔邪咒召唤亡灵重回人间，为祸一方，便火速展开调查。当波谲云诡的案情逐渐显露端倪，却将狄仁杰引向了一个更加恐惧的真相，原来世间真有“亡灵”存在……

武周天授元年，潞州司马孔成业因追寻炼丹奇方彼岸花暴毙，民间阴兵祸乱妖邪四起。狄仁杰奉旨查案，抽丝剥茧间发现有人借炼丹之名行灭口之实，于幽冥谷练兵造甲欲图谋反。狄仁杰与鹰扬将军里应外合擒拿叛党魁首，粉碎叛乱阴谋，揭开彼岸花传说下的权力迷局。

武周时期，豫州刺史为早逝的儿子操办冥婚，不料妙龄新娘的尸身突然异变成一具白骨骷髅大开杀戒，所杀之人皆化作森森白骨，惨烈现场只留下一句话“武后死，李唐兴”。武后震怒，急命贴身美女高手尉迟晴协助狄仁杰督办此案。狄仁杰将怀疑的矛头直指李氏子孙越王李贞，却遇骷髅攻击李贞，在狄仁杰与骷髅的混战之中，罹难的百姓竟也变成骷髅并融合成为一个巨大的骷髅将军。案件迷雾重重，狄仁杰能否拨云见日，揪出幕后之人？

唐载初年，位于郊外校场倒塌的通天浮屠残骸一夜之间复活。天空中一条火龙照亮夜空，并喷射火球摧毁了整个校场，死伤无数。随后通天浮屠也燃起大火，化为灰烬。而异族鬼道在城外叫嚣，只有武则天效仿大佛自焚，天下才可免受灾难。城中内外人心惶惶，狄仁杰奉命彻查此案，却遇到了与自己有过节的大理寺少卿裴东升。二人不打不相识，被迫一起调查此案。面对外敌的入侵，队友的不信任，狄仁杰决心背水一战，势要查明案件的真相。

武则天借万象神宫落成之际，安排能工巧匠利用阳光折射的技巧，使得万象神宫的金顶凤凰变活，展翅飞翔，并且还引来万鸟朝凤的祥瑞奇观，引得百官惊呼武则天乃是天之神女，天命所归，而武则天便可以借此良机，顺利登基，岂料风云突变，天空出现天宫，并降下石头神将砸毁金顶凤凰，让祥瑞变凶兆，武则天大怒，再次急招狄仁杰回京彻查此案！狄仁杰再次临危受命，见招拆招，以其特有的智慧和创造力，破解了又一起奇案！

武周神功元年，乔县突现诈尸，为祸一方，百姓传闻是李唐冤魂借尸还魂，妄图倾覆武周。与此同时，诈尸阴气所形成的恶龙突降神都城，声称武瞾身上龙气将破，命不久矣。面对这种种世所罕见的异象，一代神探狄仁杰临危受命展开了调查。 面对着重重阻力，甚至截杀，狄仁杰与一名长相酷似自己的江湖小人物宋小白联手，通过以假乱真的斗智斗勇，最终用借尸还魂的手段挽救败局，将隐藏在朝堂之中的奸佞连根拔起，并将反派阴谋彻底倾覆。

幽冥镇活人骤变，獠牙滴血，变僵尸。狄仁杰探查发现，幽冥教以蛊虫控尸，幕后黑手竟是越王李贞！其欲炼"僵尸大军"谋反。危急时刻，狄仁杰以雄黄烈火阻尸潮，亢龙锏斩尸王。最终蛊母爆亡，僵尸化为血水，一场人鬼难辨的惊天阴谋终被粉碎！

唐朝武周时期，原本平静的江州发生命案。唐老爷在寿宴之上被一个名叫修杰的乐师行刺，但所幸只受到了轻伤，却没想到最后还是难逃厄运，竟在宴会之后离奇死亡。大理寺狄仁杰奉命调查，前往唐府。