本片根据知名作家保罗·科埃略（Paulo Coelho）的同名小说改编而成。主要讲述了西班牙牧羊少年圣地亚哥，梦见在埃及金字塔附近有一批埋藏的财宝。男孩为了追寻他的梦，卖掉羊群来到非洲，穿越撒哈拉大沙漠，一路奇遇迭起，历尽艰险。后来，他在一个炼金术士的指引和帮助下，克服种种困难，最终见到了金字塔，并悟出了财宝的藏身之地。

在这个炼金术已经成为一门技术的时代，国家以优厚的待遇将许多善于炼金的人们集合起来，评选出精锐的炼金术师们为国效力。在军方的要求下，大批炼金术师被推上战场，而女孩温丽的父亲，一位国家炼金术师便在一场战争中不幸阵亡。与温丽家的悲痛为伴，邻居爱德华与阿方索兄弟一家却陷入了艰难的等待中。身为国家炼金术师的父亲平时就沉迷于炼金术的研究，同温丽的父亲一同前往战场后就再也没有回来。母亲以孱弱的身体艰难地抚养着6岁的爱德华和5岁的阿尔方斯。这样的日子终于无法再坚持，生活的重担和疾病的折磨终于将母亲压倒，尽管兄弟两人和街坊们一起用尽全力拯救她，但世上最爱他们最关心他们的母亲，还是无法违抗命运的安排永远地闭上了眼睛。 守在母亲的墓前，爱德华和阿尔方斯哭尽了所有的眼泪，在绝望的黑暗中兄弟两人将父亲留下的炼金术资料当作了最后的希望之火，决定挑战炼金术最大的禁忌——人体炼成。然而当两人准备好人体的组成材料并按照文字的记载画出炼成阵时，出现在不安的光芒中的不是熟悉的母亲，而是一团烂肉和席卷一切的黑暗......炼金术里残酷的等价交换原则让兄弟两人付出了惨重的代价，爱德华失去了左腿，并用自己的右臂为代价救回了差点被吞没的阿尔方斯的灵魂，将他固定到一副铠甲上。 错已铸成，为了恢复原来的身体兄弟两人不得不直面残酷的命运。为了能更方便的寻找高级炼金术的资料，爱德华在12岁时便通过了国家炼金术师的考试，阿尔方斯虽然由于身体的原因无法参加考试，但却甘愿陪伴在哥哥身边一同寻找传说中的“贤者之石”。在炼金术被人们当作最后的希望而一再寄托着内心深处映照的时代里，带着残缺之身踏上旅途的爱德华和阿尔方斯，将见证一出又一出的人间活剧。

这才是梅里爱现存第一部彩蜡stencil染色片（作品编号95），而不是Le Château hanté（作品编号96），后者豆瓣评论区都说是第一部染色，这个错误也正常，因为作品95是后来才被发现并被修复后收入新碟Melies Encore，以前被认为是lost film，而在新碟出现或还未广泛推广、被做成rip在各大视频站起到普及作用前，原先的5碟版本中作品96确实是第一部染色。

The story is set in the present day. László Sziráki, a womanizer and chemistry professor, is searching for the secret of making gold, but one component is missing. He wants fame and a solution to his financial problems. When he meets Esthena, an eccentric philosopher who wants to lose her virginity, he succeeds in turning plastic into gold. But he, a shrewish and shrewd man, does not recognise the exceptional nature of this encounter and pushes her away. Sophika, the wise grandmother of Syracuse, also meets Esthena: she sees her as a kindred spirit and assigns her to her grandson. But in the meantime, Mr. Maci, Esthéna's bumfordian and buffalo-loving gladiator knight, who will do anything for the girl, begins to pursue the alchemist out of jealousy. Will Syracuse find the answer to the alchemist's question? And is making gold even important?

2010年10月20日発売のコミック第10巻限定版同梱DVD収録のOVA。10.5話に当たる完全新作エピソードでカーチャが主役となる。OVAのため画像の規制はされていない。

艾斯卡与罗吉工作室炼金术师全集动画讲述的是在一个迎接了无数次黄昏，渐渐迈向终焉的世界。以位于「黄昏大地」之遥远西方，在过去曾经存在着以炼金术而繁荣的国家的地方为舞台，由称为「中央」的都市派遣而来的青年，与生长在这边境小城的少女，相约要一同为所属的开发班奉献心力。

这是一个渐渐迈向终焉的世界。在「黄昏大地」的遥远西方，曾经存在着一个以炼金术而繁荣的国家。由被称为「中央」的都市派遣而来的青年，与生长在边境小城的少女，相约一同为所属的开发班奉献心力。由炼金术所编织的、青年与少女的物语即将展开。