皮皮鲁家最近发生了一系列怪事，起因是从未来的41世纪来到21世纪参加补考的隐身博士，他被派到自己的祖先皮皮鲁家，隐身309密室，写“古人类行为学”论文。皮皮鲁和鲁西西从隐身博士的309密室中，获得了各种未来神器，但这些东西经常给大家带来各种烦恼，很少能真正帮助皮皮鲁一家快速解决困难。皮皮鲁一家时刻隐瞒隐身博士的身份，保护他通过未来世界的“高考”。在皮皮鲁和鲁西西逐渐成长的过程中，隐身博士学到了“古人类”家庭情感的真谛。在终于修成正果，即将胜利离开21世纪的时候，隐身博士为了拯救了皮皮鲁和鲁西西的生命，把自己的鲜血输入了他们体内，自己化成了泡沫，但是他的生命已经彻底和皮皮鲁、鲁西西融为了一体，皮皮鲁和鲁西西也因此彻底激发了自身神奇的能力，认识到了自己奇特的使命 。

魔方市第一小学四年级的小学生皮皮鲁和鲁西西怎么都没想到，在家里的衣柜深处居然有一个密室，兄妹将其命名为309暗室。进入密室后，他们得到了神秘的“致聪盔”。为了实验他们拉来宠物豚鼠“大傻”,带上做实验。宠物豚鼠立刻直立行走开口说话，令人称奇。大傻智商越来越高，发明的物品越来越厉害，从小东西到大科技，人们追捧着使用，沉迷其中。而大傻越发明白人性，人类的欲望被完全掌握。皮皮鲁发现大傻不对劲，魔方市也逐步陷入瘫痪，他该怎么做呢。

以皮皮鲁和鲁西西兄妹俩为主角，讲述调皮的皮皮鲁意外闯入童话空间并拨乱了“地球之钟”，导致地球人都睡着了。他和妹妹鲁西西想要修好地球之钟，却遇到了想趁此机会霸占魔方市的奇奇大王，地球之钟在争抢中碎成六块零件掉落，同时童话宇宙和现实宇宙也部分融合到了一起。为寻找到零件，将世界恢复正常，兄妹两人在“三眼国”、“零食王国”、“眼泪湖”等地开启了一段又一段奇趣的冒险，在与奇奇市长对抗的同时也学会了团结与包容的真谛，收获了成长。

围绕双胞胎兄妹皮皮鲁和鲁西西的奇幻冒险展开，主要讲述了皮皮鲁和鲁西西在恢复“地球之钟”让世界回归秩序的过程中，与捣蛋反派奇奇大王和螺丝钉总督展开趣味对抗的故事。

自从三眼国王被皮皮鲁和鲁西西放逐到西瓜星球后，地球终于暂时恢复了宁静。皮皮鲁和鲁西西忙着整理散落在魔方市的神奇道具，为修复地球之钟做最后的准备。然而，出乎意料的是，三眼国王竟利用西瓜皮飞船再次卷土重来，返回了魔方市！这次，他打算趁皮皮鲁不备，给这对勇敢的兄妹一个深刻的教训！一场意想不到的冒险正等待着皮皮鲁和鲁西西！

三眼国王要占领魔方市，失误将神奇能量道具散落各处，而皮皮鲁恰巧通过神奇能量道具意外闯入缩小玩具世界，重启冒险之旅！一场神奇能量带来的奇妙体验，一场重创三眼国王阴谋反击战拉开序幕！