1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑…

1995年，黑桐与她相遇，她曾吐露“杀人和杀戮不一样，据说人一生只能杀一个人”。她心底渴望成为“特别”的存在，这份愿望被错误引导，当时她深信自己所做的选择是唯一且最佳的。 1996年，她陷入沉眠，但罪恶的种子却在悄然生长。1998年，她苏醒，新的故事就此开启，与此同时，有人开始觊觎她。到了1999年，本应存有破绽的获取她的手段，却因命运的偏差而偏离正轨。 4年后，恶魔杀人事件再次上演。暗夜杀人犯是潜藏在她内心的杀人冲动，以及早已无迹可寻的“织”。她甚至记不起自己到底杀了“谁”，为此，她在深夜街头徘徊，而他也为了她在黑夜里来回奔波。杀人和杀戮的区别，恰似特别与普通、戾气与正气的差异，可明明……

1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母…… 本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。

现年22岁的泽村悠子（河北麻友子 饰）是在县立游泳场上班的事务员。少年时代的她曾是一名颇有前途的跳水运动员，但八年前她却因某种原因再也无法从事这项运动。某天，恋人笹原聪（牧田哲也 饰）向悠子求婚，而这个女孩犹豫不决，无法坦然接受恋人的请求，个中缘由连她自己也不清楚。偶然机缘，悠子得以邂逅精神科专家响翔（藏本天外 饰），经过咨询和引导，她终于发现影响其跳水事业和恋爱道路的全部与八年前一起事件有关。当年，悠子的继父松平彻（永泽俊矢 饰）被亲生儿子松平骏介（井上正大 饰）杀害。该事件令悠子的心灵遭受巨大创伤，同时也使她的记忆扭曲模糊。不久之后，她与骏介重逢，奇妙的情感在彼此心底滋生。为了寻找骏介杀父的真正原因以及自己失落的记忆，悠子同意响翔对她实施催眠，从而推开那扇关闭许久的记忆大门……（原味字幕组）

1999年3月，某个下雪的夜晚。相隔四年，黑桐干也与『两仪式』再会。

1999年1月，黑桐鲜花所就读的高级女子中学——礼园出现了神秘的事件。一年四班的学生橘佳织在宿舍起火事件中身亡，随后，一年四班全体同学的生活改变了。每天活在痛苦与烦恼中的她们，收到了不明来源的信件。不安的情绪在礼园全体学生间蔓延。为了解决事件，两仪式假扮学生潜入礼园，与黑桐鲜花一同调查事件的原委。另一方面，黑桐干也在使用自己的方法追踪事件的真相。而事件的背后，似乎还有那个男人，魔术师荒耶宗莲的安排。 苍崎橙子之徒黑桐鲜花，拥有“直死之魔眼”的两仪式，魔术与战斗的交叉，礼园的秘密在她们面前展开。 日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第六章电影版。

最終章である『第七章』公開を前に、リミックス作品として「空の境界 Remix -Gate of seventh heaven-」が2009年3月14日から公開された。内容は『第一章』から『第六章』までのリミックス総集編で、各章の主題歌に乗せて要所を抜き出して編集されている。また章順ではなく時間軸順に編成されており、『第二章』から始まり、『第四章』、『第三章』、『第一章』、『第五章』、『第六章』と続く。基本的には既存のシーンのリミックスだが、一部新規のシーンも追加されている。劇場観賞マナーCMは無いが、『第六章』のものとは別に新規の『第七章』の次章予告が挿入されている。blu-ray Disc Boxの特典ディスクに収録。

1999年2月，杀人鬼回来了！ 1995年在日本发生的连续猎奇杀人事件，因嫌疑人遇到车祸住院而草草结案。如今疯狂的犯罪再次出现，恐怖的气氛来袭，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底谁才是这一系列事件的凶手？ 解决都市不可思议事件的伽蓝堂的成员开始展开调查，两仪式准备以自己的匕首结束这一切。但决战之前，黑桐干也发现犯人居然是自己旧日所识！ 在友情与正义相混淆的世界中，干也到底要如何抉择？ 日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第七章电影版。

1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。 她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位成员：苍崎橙子、黑桐干也、两仪式。拥有“直死之眼”的两仪式受橙子所托，前往巫条大厦调查。等待她的是意想不到的敌人，而对抗敌人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而远在伽蓝堂，黑桐似乎被巫条大厦的魔力控制，失去了知觉。 日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第一章电影版。