一位对8岁男孩如同母亲般关怀的女性，时隔19年后与男孩重逢，从而陷入了道德困境，此时现实与未来的界限开始变得模糊起来。

被浩瀚大海所包围的奄美大岛，少年界人和少女杏子各自经历着人生的波动时刻。月圆之夜，界人目睹了背部有纹身的男子漂在海中死前的一刻，心灵备受触动。他对母亲和男人们纠缠不清的行径感到反感，于是决定去东京看望父亲。杏子的母亲是岛民们倍为敬重的女巫，但女巫也无法逃脱生死的宿命。母亲病入膏肓之际，杏子矜持的心土崩瓦解。少男少女愁绪满怀，涛声、风声、歌声、琴声，汇聚成一首关于生命的颂歌……

本片把佛教偈语“贪嗔痴恨爱恶欲”具象化为具有代表性的七个小人物身上，分别是为人贪婪的房东常乐祖（取自知足常乐）；容易动怒的保安莫升旗（谐音莫生气）；为情痴迷的美发师左无慧（取自枯坐无慧）；心存怨恨的无业游民吴诗人（取自己所不欲勿施于人）；富有爱心的摩的司机摩的仨（取自佛教最高境界三摩地）；为求自保行凶作恶的老师时未道（取自不是不报时候未到）；性感妖娆的色情行业女子空空（取自色即是空）。所谓“七扇门”就是人性七个弱点，故事以大智若愚的主人公摩的三生活经历为线索，将其他几个人联系在一起，以展现市斤生活小人物的酸甜苦辣，描写人性善恶，他们虽然都有着各自的不幸，但是都在各自的路上努力的“活着”。

明朝中叶，老皇帝昏迷不醒，立储之事悬而未决，皇子和齐王觊觎皇位，明争暗斗，此时京城惊现连环杀人案，责成京师六扇门办理案件，六扇门统带申梓木（黄…

《六扇门传奇》将故事背景设定在明朝，祝英（陶洋 饰）是六扇门里唯一的女捕快。她外表冷峻，宛如冰霜，内心却有着一副侠骨柔肠。祝英平时沉默寡言，是六扇门中的机关巧手。她加入玄武小组后，屡次立下奇功。她亲手制作的各类机关武器，在关键时刻为男主角周冲提供了极大的帮助，两人也因此暗生了情愫。

现代女法医叶彩唐意外殒命，一朝穿越沦为古代孤女。孟家老宅惊现 “鬼魂杀人” 奇案，人人惶惶不安，唯有她凭借法医专业本领戳破凶犯的伪装。六扇门捕头夏樾抓住她仵作之女的身份，一纸五十两卖身契，强行把她留在衙门做编外仵作抵债。欢喜冤家日常互怼，却在一次次凶险命案里互生羁绊。叶彩唐以现代验尸技术横扫各类悬案，拨开层层迷雾，不料案情不断深挖，竟撞出三十七年前宫廷秘事与楚家灭门血海旧怨，身世谜团裹挟着巨大危机向二人席卷而来。

天启皇帝驾崩，崇祯即位之时，准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人…

大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

天生神鼻、通晓兽语的厨娘苏小满，在动物伙伴协助下，于宛平县侦破连环剥皮案与酒楼掌柜中毒案。后受召入京追查世家公子殒命的“驻世活香”奇案，智斗合香师沈知微。沈知微在烈火中焚香而亡，案件告破。苏小满离京之际，却收到旧案线索，宛平再现模仿作案，神秘青铜面具人现身，更大的谜局悄然展开。

明朝正德年间，叶国涛在追查一起龙虎山凶杀案时遇害，爱徒董云飞被任命为六扇门捕快，沿着案发现场唯一的证物“令牌碎片”这条线索不断追查，逐渐揭开凶案背后隐藏的有关于古墓宝藏的阴谋。各方势力几次刺杀阻拦董云飞查案，但他置自身危险于不顾，联合知府女儿、方捕快不断深入调查，最终逼得以血虫蛊毒谋财害命的幕后真凶不得不现身，将真相大白于天下。