2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。 《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。

小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。 正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，神奇宝贝们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历经风波的小光的启程，究竟会变成怎么样呢！？

日本播放的《宝可梦》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他六部动画，附带小标题的6部动画在设定上根据各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。

宝可梦25周年纪念动画《宝可梦进化》（Pokémon Evolutions）。讲述8个地区的训练师和宝可梦一起成长的故事。

精灵宝可梦：世代是精灵宝可梦动画的短片系列，改编自每代的精灵宝可梦游戏。系列一共18集，每集长度3～5分钟，2016年9月17日（东8区时间）起每周于精灵宝可梦海外官方Youtube频道首播。

The first in the world! A performance created by the cries of Pokémon! The Pokémon will play a beautiful harmony. Will Pikachu and the others be able to pull off the performance?

精灵宝可梦，不可思议的生物。可是，还没有人了解所有的宝可梦。以成为宝可梦大师为目标，继续着旅程的小智和伙伴皮卡丘在合众地区的冒险又开始了。新…

《精灵宝可梦太阳&月亮》是日本东京电视系于2016年11月制播的精灵宝可梦动画的第六个系列，接档《精灵宝可梦XY》播出。 《精灵宝可梦太阳&月亮》是以第七世代游戏《精灵宝可梦 太阳/月亮》为基础制作的动画。 在《精灵宝可梦太阳&月亮》中，小智将前往阿罗拉地区，与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标为毕业。 在阿罗拉地区里，小智与皮卡丘将和新的宝可梦相遇，获得Z手环并学会「Z招式」。

《周刊神奇宝贝放送局》是日本 TV Tokyo(东京电视台) 在 2002年10月15日 至 2004年9月28日 期间播放的有关《神奇宝贝（动画）》系列的电视节目，共播出了89话。 与其他电视节目略有区别的是，《周刊神奇宝贝放送局》的主持人并非为真实的人物，而是由大家在《神奇宝贝》当中熟知的角色——小霞与小刚来主持，整个节目以动画的形式出现。 内容原本是以重播或是精采画面集合为主，之后慢慢的有一些特殊动画剧情出现。因此节目的内容大致有三类：综艺节目、回顾影集和支线动画(《神奇宝贝 Side Story》)。