明治38年，北陆地区两大帮派堂万一家和传法一家分庭抗礼。传法一家企图霸占对手的博彩业，双方因此冲突不断。隶属于堂万一家的头目岩木诚一（松方弘樹 饰）果敢勇猛，颇得女老大淑子（清川虹子 饰）的器重。淑子临终前，内定岩木为下一任老大，并托付绯牡丹阿龙（藤純子 饰）操办主持继承仪式。然而此举却招致组织内另一觊觎老大位置的松川长次郎（待田京介 饰）的不满。他百般阻挠继任仪式，甚至主动投靠传法一家。两派冲突升级，岩木为保护龙子惨遭杀害。龙子、熊虎（若山富三郎 饰）以及岩木的战友北桥周平（菅原文太 饰）决定闯入传法一家地盘，血债血还…… 本片为“绯牡丹博徒”系列最后一部。

明治中期，九州赌徒帮派矢野组组长被人暗杀，其独女龙子（藤纯子 饰）解散帮会，以父亲尸体旁遗落的钱包为线索四处寻找凶手。龙子怀揣小太刀，五年间走遍全国各地的赌场，因出色的赌技而赢得“红牡丹阿龙”的绰号。 在岩国某赌场，龙子拆穿庄家作弊手段，引起纠纷，幸得流浪赌徒片桐（高仓健 饰）出手相助。与片桐分手后，龙子得知曾见过杀手容貌的阿新的下落，遂启程寻找，并在道后与熊虎组组长虎吉（若山富三郎 饰）结为兄妹。经熊虎推荐，龙子和阿新前往拜会大阪千成一家第二代首领加仓井（大木实 饰），却偶然在此得知真相……

四处云游修行的绯牡丹阿龙（藤純子 饰），偶然在上州伊香保卷入一场博徒间的殴斗。阿龙出手干预，由此惹上了当地的黑帮久保田组。赌场内，阿龙和久保田组剑拔弩张，多得来自武州熊谷的结城组组长菊太郎（鶴田浩二 饰）挺身相助。经大前田组组长英次郎（嵐寛寿郎 饰）调停，结城和久保田换杯结盟，而惹出祸端的久保伊之助（沼田曜一 饰）则遭破门（驱逐出帮会）惩罚。 在操办完父亲的法事后，阿龙如约来到熊谷寻找结城。此时熊谷正在营建兵工厂，工业废水和废料大肆排入农田，引起周边农民的不满和抗议。然工厂主大村（内田朝雄 饰）和陆军军官畑中（小松方正 饰）、黑帮头目富冈仁八（河津清三郎 饰）相互勾结，对农民进行镇压。结城代表农民三番五次与大村等人交涉，引来对方强烈不满。最终，他们指示流窜至此的久保伊之助刺杀碍事的结城……

受熊坂虎吉（若山富三郎 饰）推荐，绯牡丹阿龙（富司纯子 饰）前往名古屋拜会西之丸一家，继续自己的修业之旅。西之丸控制着神宫一带的博采行业。而金原一家的组长金原铁之助（小池朝雄 饰）则与议员古田（内田朝雄 饰）勾结，觊觎赌博放款人的位置。 西之原一家头目杉山的儿子次郎（石山律 饰）和金原的女儿八重子（柴田美保子 饰）相恋，但受到金原的反对。龙子协助二人逃跑，被金原家的食客花冈（高仓健 饰）截住。花冈得知缘由，放二人离去。金原怀恨在心，对阿龙和杉山展开报复……

明治中期，日本四国德岛。正在修行途中的绯牡丹阿龙（藤純子 饰）来到此地，迎接两年前因伤害罪入狱的组员清吉（高宮敬二 饰）。清吉身染重病，出狱后不久便离开人世。当地黑帮德政一家的头目江口幸平（待田京介 饰）出资将其安葬，阿龙则在丧期内暂居这里，和佃户们一同劳作。

绯牡丹阿龙（藤純子 饰）四处寻找患有白内障的女孩五十岚君子，他从浪人青山常次郎（菅原文太 饰）处得知线索，随后在青山的介绍下启程前往东京浅草，拜见了掌管艺能表演的铁炮久（嵐寛寿郎 饰）。铁炮久所经营的东京座正在上演一出精彩剧目，东京市民竞相前来观看，这也吸引了不少小偷。小偷团伙中的少女阿君（山岸映子 饰）惹到黑帮组织鲛州政一家，惨被砸烂右手中指。鲛州政的小弟银次郎（長谷川明男 饰）爱慕阿君已久，他趁机劝这个女孩弃恶从善。很快，他们又被追查小偷的铁炮久抓获，阿君却以此为契机和苦苦寻找她的阿龙相认。 另一方面，鲛州政老大政五郎（安部徹 饰）觊觎东京座的商机，暗中谋划良久。不久，常次郎刺伤政五郎的人随后投奔铁炮久，此举更是激化双方的矛盾……

江湖戏班的皇甫义（孙树林 饰）有一天在街上看到自卖自身的王莲（刘晶 饰），出钱将其买下，赵大爷（高保成 饰）不忍失去王莲，也随王莲进戏班当马夫。十年过去了，王莲出落成色艺双绝的马戏班台柱子，艺名红牡丹（姜黎黎 饰）。十年来，她和同班师兄妹为皇甫义挣尽了血汗钱。他们在香港演出时，引起有志之士的注意，建议他们为抗战义演募捐，皇甫义不同意。财阀张德仁（张逸生 饰）看上红牡丹，红牡丹不从，并将兽性大发的张德仁痛打一顿。张德仁在一次演出中杀害了九月菊（赵凤霞 饰），红牡丹策马踢翻了张德仁的看台。最后，戏班在好心人的帮助下逃回内地。人财两空的皇甫义，为了将摇钱树红牡丹永远控制在手，竟想霸占红牡丹为妾，皇甫义做梦都没想到，他想霸占的红牡丹竟是他多年前抛下的亲生女儿......

绯牡丹阿龙（富司纯子 饰）修业途中落脚长州户崎组，当她和当地农民庆祝丰收之时，高利贷放债人仓持（远藤辰雄 饰）搅扰庆典，逼迫无钱还贷的农民交出谷物和土地。农民不得已求助户崎组组长（水岛道太郎 饰）。 另一方面，户崎组长的结拜兄弟笠松与仓持勾结，迫使手工业者破产，以成立现代化丝织厂。户崎为保护农民利益，率手下夜袭仓持住所，被笠松出卖。户崎组全军覆没。回到四国的阿龙得知消息迅速返回，与笠松一家周旋。为除去障碍，笠松派白石（菅原文太 饰）截杀阿龙，幸得流浪杀手周太郎（鹤田浩二 饰）相助。但贪婪的笠松怎可罢休……

明朝万历年间，宦官当权，加之天灾连连，百姓生活在水深火热之中。　　原中州捕快文浩(吴樾饰)性嫉恶如仇，看不惯朝廷的爪牙与民为敌，故辞去捕快…

经过长达七年的修业之旅，绯牡丹阿龙（藤純子 饰）和组员飞车角（広瀬義宣 饰）返回故乡熊本，决心复兴父亲一手创立的矢野组。路上，他们偶然救助了遭到追杀的青年富士松（待田京介 饰），因此与当地的黑帮荒木田组结怨。 随着明治时代的到来，日本全面进入工业社会。九州筑丰一带富足的煤矿得到广泛开发，为了提高运输速度，铁路的铺设被提上日程。然而这项计划触及了远贺川流域运煤船工的利益，他们和承包工程的帮派组织多次发生冲突。阿龙的叔父川边要次郎（嵐寛寿郎 饰）在冲突中受伤，不治身亡。他在临死前将组织托付给阿龙，并嘱托她一定要完成铁路的建设。继承叔父的遗志，阿龙全力推进工程的进行，因此和代表船工利益的堪藏（石山健二郎 饰）产生矛盾。另一方面，心怀不轨的荒木田组伊之助（天津敏 饰）时刻寻找机会，准备一举摧毁铁路工程以及阿龙、堪藏的组织……