工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。 众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾、导游西田麻衣、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话……

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！

这回的舞台时休学旅行。 游船的乘客除新一班级的30名学生之外，还有代理班主任北岛慎吾，导游西田麻衣，船长东邦夫和船员南田恭介。 第一天，园子由于晕船被送到休憩室休息。众人离开不久就听到激烈的水花声，当新一他们赶到时，园子已失踪，室内也发现留有搏斗的痕迹。 接手此案的县警多摩川刑警召开了搜查会议。由于园子是铃木财团的千金，极有可能被绑架勒索赎金。警方安排学生们住进了游船码头附近的酒店。而小兰也打电话向毛利小五郎求助，希望父亲能从案件的蛛丝马迹中找出凶手。谁知犯人竟然再次打来第二个绑架预告电话：“明天中午，我会再带走一个人……” 所有人都被集中到酒店大堂，入口统统上了锁，多摩川刑警指挥的县警们也集结待命。就在这一片紧张气氛中，时钟指向了中午，此时酒店突然停电。当灯光再次亮起之时，新一却发现身边的小兰消失了……

在被充满谜样气息的怪鸟传说支配的神秘村庄里。高中生侦探工藤新一应大富豪之邀、前去拜访那座村庄时，惨剧也拉开了序幕！与大富豪有关的人们突然出现树顶，他们都被树枝刺穿气绝身亡，那种情景，就像伯劳鸟的贡品。这个村庄又像怪鸟传说那样发生了连续杀人事件！这是一桩离地20米的完全不可能杀人！？村庄与外界唯一的联系--吊桥也被割断，村庄完全成为一个密室。工藤新一究竟能不能在这个巨大的密室中，将杀人诡计以及凶犯公布于天下呢？

名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则 饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有危机的现场。新一能否攻克重重障碍，最终走到答案揭晓的时刻呢？ 本片改编自漫画家青山刚昌的同名漫画，是真人版的第四弹。

这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。

工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话。

根据青山刚昌著名原作推理漫画《名侦探柯南》改编。

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官（西村雅彦）的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。一行人将于第一天在湖上巡航一小时。 乘坐游船的除新一班级的30名学生之外，还有代理班主任北岛慎吾（府川亮），导游西田麻衣（水川麻美，水川あさみ ），还有船长东邦夫（松重丰）和船员南田恭介（西村和彦）。其间，小兰的好友园子（岩佐真悠子）由于晕船，在船内休憩室休息。但不久后就听到“啪沙”的激烈水花声，船上一片骚动。新一他们立即赶到休憩室，发现园子已失踪，室内留有争斗痕迹。 接手此案的县警搜查本部搜查负责人多摩川刑警（伊武雅刀）召开了搜查会议。由于园子是铃木财团的千金，被勒索赎金的可能性极高。学生们被安排住进现场附近的酒店。非常担心园子的小兰向开侦探事务所的父亲·毛利小五郎（阵内孝则）求助。

名侦探柯南，真人版再开！这次是真人版的第三弹。故事的舞台被搭建在了神话传说之上，而故事发生的时间则是工藤新一变成江户川柯南的前100天。 　　工藤新一（沟端淳平 饰）和毛利兰（忽那汐里 饰）机缘巧合的来到了十五夜村。这个看似普通的小村却流传着可怕的传说，相传会有巨大的伯劳鸟来村里袭击，把贡品倒插在树上。为了安抚伯劳鸟，村里3天后要举行祭典。新一和小兰结识了村里的富豪仓勇海（草刈正雄 饰），正要去参观的时候，仓勇的助手却被发现遇害。而其死法正如同传说中那般，被倒挂在树上。难道真的是怪鸟作祟？属于名侦探新一的推理就此展开，而犯人的步伐并没有就此止步，究竟是却有其鸟，还是有人在作祟……