拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情…… 在每集动画中的片尾都有“菌剧场”。

《萌菌物语》以一座架空的农学院为舞台，讲述了主人公泽木惣右卫门直保的爆笑大学生活。直保拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，而且能够听懂“菌语”。这种能力在直保所从事的领域简直可以称为“媲美3亿元电子显微镜的能力”，从而引起了一系列小小的骚动。

纪录片《菌物王国》，是国内首部系统的、完整的菌物纪录片。历时两年，创作团队深入原始森林，以菌物为叙事主体，通过一平方米的生境、大地上的海洋、菌物生万物，从点、线、面系统的、全面的，缓缓揭开菌物王国的神秘面纱，讲述国家公园的生境生态、生生不息、多样奇幻，以及菌物是生态系统循环中不可或缺的组成部分。

故事主要以有着魁梧的身材和耿直的性格、深受男性们爱戴却没有女人缘的高中1年级学生刚田猛男，与温柔的少女大和凛子，以及猛男的幼时好友——帅哥砂川诚为中心展开，主要描写了他们相互的理解以及彼此的交流。

高三的十月下旬，神原骏河向高中三年级的阿良良木历介绍了一位转校生——忍野扇。放学后，忍野扇说起了一些奇怪的事情。她曾转学过很多次，并将每一次到过的校舍都画成地图。他发现三楼的视听室被拉长，也许有隐藏的房间。扇和历发现了隐藏的房间，进去后里面有停止的时钟和推不动的门窗，一切就像停止了一样… 这是解开阿良良木历构成之谜的物语，也是知晓一切起点的物语。

“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。”平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者…

在与美丽吸血鬼遭遇的春假之后，主人公阿良良木历迎来了新学期。本篇描述了从新学期的第一个月开始到大学入学考试为止，阿良良木历这一年间所经历的故事。 随后，“物语”将迎来命运的晨曦……

17岁的龙崎桃子住在茨城县下妻，她喜欢洛可可风格的打扮，并向往中世纪的法国。和桃子同校的高二女生白百合草莓，是一个整天骑着重型摩托车的“飙车帮恶女”。一次机缘巧合，桃子和草莓偶然结识对方，她们对彼此充满了好奇，而且都不明白在这小地方怎么会有对方这样的女孩…

战国时代，琵琶湖附近的一个小山村里住着源十郎（森雅之 饰）和妻子宫木（田中绢代 饰），还有妹夫藤兵卫、妹妹阿滨。他们以开小瓷窑、烧制瓷器为生，战乱中，源十郎想趁着战乱发一笔横财，而藤兵卫则想着成为一名武士，出人头地。二人带着烧制好的上好瓷器离开家乡去市镇变卖，果然赚到一大笔钱，源十郎甚至碰上了一位美若天仙的贵族小姐若狭（京町子 饰），雨云之欢，乐不思蜀。一天晚归的源十郎被一僧人告知是否遇见什么不干净的东西……

1583年，正是日本战国时代，琵琶湖附近的一个小山村里住着源十郎（森雅之 饰）和妻子宫木（田中绢代饰），还有妹夫藤兵卫（小泽荣 饰）、妹妹阿滨（水户光子 饰）。他们以开小瓷窑、烧制瓷器为生，战乱中，源十郎想趁着战乱发一笔横财，而藤兵卫则想着成为一名武士，出人头地。 　　二人带着烧制好的上好瓷器离开家乡去市镇变卖，果然赚到一大笔钱，源十郎甚至碰上了一位美若天仙的贵族小姐若狭（京町子 饰），雨云之欢，乐不思蜀。一天晚归的源十郎被一僧人告知是否遇见什么不干净的东西……而藤兵卫也如愿以偿地成为了武士，撞大运碰上美事，好不威风，但他居然在寻欢之时遇见了妻子。