某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。 　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

秘密的为了维护世界和平，阻止邪恶的黑道组织-猪蹄组征服世界的诡计，派特工美色(魅力）潜入邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。在逃亡过程中，美色（魅力）无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新也被卷入正邪的对抗战中，还被带往邪恶组织。原来邪恶组织要进行的计划是，让大袋博士开发出来的新型电子生命体肥嘟嘟左卫门入侵全世界的电脑，进而征服世界。没想到这个新型的电子生命体的原创者居然是小新......