本片讲述了四只忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，并联手对抗最强敌人的故事。达伦·克里斯配音忍者神龟拉斐尔，SNL的凯尔·穆尼配音米开朗基罗，特洛伊·贝克…

蝙蝠侠与盟友从过去归来仅一天，就发现世界已非离开时的模样。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也集体消失。然而他们还没来得及理清头绪，更离奇的变故接踵而至——黑帮成员开始从天上纷纷坠落。

在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是最近纽约市出现了一系列无法解释的古怪事件，让斯普林特更加眉头紧锁…… 　　原来非常富有的实业家马克西米林安·J·威特斯培养收集了一支由古老的怪兽组成的军队，正在对这个世界虎视眈眈，而惟一能够阻止他的，除了由超级神龟组成的忍者四人组，不做他想。里奥纳多·达·芬奇、米开朗基罗、多纳泰罗·爱因斯坦和拉斐尔，再加上一直以来都在帮助他们的忠实老朋友、女记者爱普尔·奥尼尔和凯西·琼斯，神龟们再一次被迫进入战备阶段。怪兽军队和臭名昭著的神秘忍者组织Foot Clan，他们都成了支持威特斯搞乱世界的帮凶。

这是一部经典的美国的动画片。一天，一家工厂泄漏的有毒化学物质流到了纽约市的地下水道，这些化学物质令到四只平凡的小海龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形海龟，他们分别是米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗，而一位忍术了得的日本忍者斯普林特也因为接触到这些物质而 变成了一只人形的老鼠。海龟们拜斯普林特为师傅，学习忍术和功夫，并在电视台记者范宝儿和爱玛的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的克朗和他爪牙施莱德展开了一场又一场斗争。

纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。

暂无剧情简介

通过接触一种叫做“奥兹”的神秘物质，4只生活在纽约排水管道里的小龟变异成了大龟。他们可以说话，直立行走，还喜欢吃比萨。一只聪明的老鼠斯普林特成为…

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！

After The Riddler leads Batman to Star City, he must unite with a fellow vigilante, The Arrow, but the two do not see eye to eye.

蝙蝠侠与盟友从过去归来仅一天，就发现世界已非离开时的模样。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也集体消失。然而他们还没来得及理清头绪，更离奇的变故接踵而至——黑帮成员开始从天上纷纷坠落。