经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。 　　为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。

一只渔船在海上打捞上一个奄奄一息的男子，在救治过程中，发现男子身中数枪，并有刀痕。奇怪的是从臀部取出一个芯片，上面有瑞士苏黎士银行的一个账号。在船员们精心的照料下，男子虽然身体康复，但是他已经失去了往日的记忆，不知自己是谁，叫什么名字！船在西班牙停泊后他前往瑞士苏黎士。由于没有证件只好睡在公园的长椅上，被执勤的警察叫醒，只想睡觉的他对警察的纠缠忍无可忍，动手打倒了警察。这时他发现自己不但武功高强，而且还会说多国语言。这令他莫名其妙……与此同时，CIA（ 中央情报局）部署的一个被称为“绊脚石”的计划正在执行中，但是派出去的干员与CIA失去了联络，CIA十分焦急。男子来到苏黎士银行写下了那个神秘的账号，按一切程序检测完毕以后，银行把保险箱拿给了他。打开保险箱后，他惊呆了，一把手枪、多国钞票、六国护照和一个巴黎的住址，而且六本护照上写的都是同一个名字——杰森·伯恩，这一切使他陷入了冒险的旅途。在美国使馆内，伯恩认识了一个女孩叫玛莉。她正与工作人员争吵。伯恩的举动被安检人员发现，警察上前抓住伯恩，但都被他三拳两脚打翻在地，他逃出了使馆。正当伯恩无处可逃之时，遇到在使馆见到的女孩玛莉，他请玛莉开车把自己送到巴黎，付一万美元，到巴黎之后再付一万美元，玛莉惊喜，同意将伯恩送到巴黎。CIA的人也在寻找失踪的“伯恩”，因为伯恩是中情局的干员，被派出去执行被称为“绊脚石”的暗杀行动，但事情现己败露，CIA决定除掉伯恩，因此派人到处寻找伯恩。玛莉开车送伯恩前往巴黎途中对他产生好感，决定帮助他。伯恩始终没有搞清那个账号、护照等等是怎么回事。他拿着巴黎的地址穿过数条街道寻找门牌号。找到之后他稍做安顿，突然一个杀手闯了进来，经过一番激烈的撕打，杀手跳窗而逃。伯恩感到自己己被跟踪，带着玛莉马上离开了。伯恩劝告玛莉不要跟着他，否则很危险，自己则要留下来把事情搞清楚。但玛莉并没有离开伯恩，为了安全，伯恩给玛莉改变了发型。CIA在调查案子的同时，伯恩也在加速搞清事情真相。沃姆伯西在家中被杀，CIA认为是伯恩干的，因此他一直都在被追杀。自己到底是谁？是在顶替谁？这一切令伯恩百思不得其解，他到过停尸间，走访过渔具商店经理和航海保全部，结果都令他很失望。伯恩被八方追击，玛莉决定带伯恩到朋友伊蒙家中暂避，但是在这里也同样被盯上了。伯恩拿出一笔钱让玛莉赶快逃离这里。伯恩告诉玛莉离开后千万不要同任何人联系。伯恩电话中约CIA的头目在巴黎新桥见面。CIA趁此机会加大警力，一定要除掉伯恩，伯恩在与康（ CIA的头目）对话中揭露了他的阴谋。

在后斯诺登时代，中情局系统被黑客入侵，多项特工计划可能泄露。与此同时，中情局还发现了杰森·伯恩 （ 马特·达蒙 饰）和好搭档尼基·帕森斯 （ 朱丽娅·斯蒂尔斯 饰）的踪迹。年轻的网络专家海瑟·李 （ 艾丽西亚·维坎德 饰）自告奋勇追踪杰森·伯恩，而杰森·伯恩也在寻找着关于自己身世的惊天黑幕。中情局高官罗伯特·杜威 （ 汤米·李·琼斯 饰）是知晓一切幕后秘密的人。罗伯特·杜威、海瑟·李和杰森·伯恩之间的角力悬念，不到最后一刻，就无法了解真正的结局 。

杰森·伯恩，这个对自己的过去一无所知的男人原本已经放弃了再追寻丢失的记忆的念头。因为他虽然没有国籍、虽然没有身份，但却找到了自己的挚爱玛丽。他原本打算与玛丽甜蜜的过完下半生，生儿育女，不再理往事。然而，伯恩虽有淡出之心，但拥有一身本领的他却相当惹眼，那些将他抛到地中海的黑暗组织早派人来追杀这个失忆的成员，而与伯恩一起逃亡的玛丽死在枪下。失去惟一依靠的伯恩发誓要找回自己的记忆，了解自己的身份，进而为玛丽报仇。失去妻子的伯恩游荡在欧洲各地寻找线索，已经成为暗杀目标的伯恩靠着自己一身本领制服了前来暗杀他的几个人之后，从他们身上找到了一丝线索，他渐渐知道自己所遭遇的一切与一个叫“踏石”的秘密特工养成计划有关，而他也是这个组织培养出来的特工。目前，“踏石”组织已经被美国国防部的一个新计划“黑烟斗”所取代，而“黑烟斗”的其中一个任务就是铲除已经不受控制的伯恩，“黑烟斗”潜伏在世界各地的杀手们都成了伯恩的敌人。然而，已经失去妻子的伯恩再无牵挂，他选择主动出击，要将有份参与养成黑特工杰森·伯恩计划的一干人等统统灭掉，为自己报仇同样也为妻子报仇。伯恩四处奔走追击，先后到莫斯科、马德里、巴黎、摩洛哥的首都丹吉尔还有伦敦等地调查，期间与“黑烟斗”特工展开连串厮杀，同时又要对付国际警察和当地执法者。敌人越来越多，而伯恩的调查也越来越深入，疑问也逐渐得到解答，而最后，他到了纽约，在这里，他将能找到一切的答案，同时也能了解一切的事端。

故事依旧起源于美国中情局所谓的“绊脚石计划”。“杰森·伯恩的麻烦”虽已经过去，但暂时躲过一劫的中情局要员诺阿·沃森（大卫·斯特雷泽恩饰）等人依…

杰瑞米·雷纳版《谍影重重》续作，该片为《谍影重重4：伯恩的遗产》续集，由林诣彬导演。本片与保罗·格林格拉斯指导的马特·达蒙版《谍影重重》续作没有任何交集。两部影片的制作目前并行，雷纳版暂定于马特版《谍影重重》续作后上映。

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