影片讲述的是隐居大学生Ryan的故事。他正读神学院最后一年,必须完成毕业论文才能继续深造,论文题目是《论爱的神圣礼物》。在欲望与信仰的冲突中挣扎的Ryan从未谈过恋爱。他在网上认识了英俊的Bradley,两人相识后迅速坠入爱河。然而,随后的经历让Lane开始质疑上帝赐予的爱情是否真的神圣。班上另外两名同学也是隐居的同性恋,无人倾诉的Ryan向他们敞开心扉,发现他们都有着同样的痛苦,犯过同样的错误。导师要求Ryan在论文中放下同性恋的感觉,但这个建议来得太晚了。由于朋友的背叛,Ryan对同性恋的爱早已蔓延开来……
导演Joshua Lim急于传达一个观点:不要因为觉得宗教没有自己的位置而放弃宗教;信仰的缺失和盲目的信仰一样可怕。可以看作是近年来宗教界对性取向反思的一个支流,其实《神学院男孩》并不是今年唯一一部做出如此表态的电影,早前的《孩子很聪明》也引发了宗教界的强烈不满……