故事開始前的十年前，在天才科學家基奧羅古（ゲオルク·ララーシュタイン）處，學習機器人工學的嵐田陽一郎，知道了基奧羅古征服世界的野心，於是自己炸毀了完成的馬赫男爵後離去，後與妻子一起被殺害。 陽一郎在死前把馬赫男爵的設計圖交給兒子嵐田陽，十年後他20歲。并加入了國際救助隊KSS，並經由村野博士完成了第二個馬赫男爵。嵐田陽駕駛著馬赫男爵，為了世界的和平，而與基奧羅古率領的機械帝國展開了死鬥。

邪恶组织铁面具党（鉄面党）在万国机械人博览会上，强行夺取了各国的机械人和专家。他们将各国机械人改造成战斗用机械人，进而开启征服世界的计划。其中，日本的红健一郎博士及其设计的机械人铁金刚（レッドバロン）未被夺走。然而，红健一郎博士惨遭铁面具党杀害，所幸他把弟弟红健的资料输入铁金刚内，于是红健成为世界上唯一能操纵铁金刚的人。后来，红健加入兄长所属的科学秘密特搜队（SSI），以阻止铁面具党的阴谋。

故事发生在1986年的近未来（当时时间），名为机器人帝国铁面党的邪恶组织抓走了诸多机器人科学家改造为了奴隶人。同时铁面党还袭击了在日本召开的万国机器人博览会，并将博览会上各个国家送展机器人抢走，命令被改造为奴隶人的科学家们将各个国家的机器人改造为可以用来征服世界的战斗机器人。这些被夺走的机器人来自各个国家，其中甚至还有个中国的机器人，名叫豪龙，造型是相当典型的日本人对中国风的认知，身上带着拉面碗上那种“中华式”的花纹，武器是头上甩来甩去的机械鞭子…而与铁面党对抗的组织，就是全称为科学秘密搜查队（Secret Science Institute）的特殊队伍SSI。SSI的队员红健，他身为机器人的父亲在多年前就和健的母亲还有小弟一起突然失踪，他和同时机器人科学家的大哥红健一郎一直寻找无果。红健一郎在这次万国机器人博览会后也被铁面党绑架，铁面党的首领戴比拉博士知道红健一郎开发出了有着凌驾于各个国家机器人水平之上的超级机器人红巴隆，于是要求他交出来，健一郎在被胁迫之下被改造为了奴隶人然后放了回来。被放回来的健一郎找到了弟弟健，然后引导健把指纹以及声音录入红巴隆，这样除了健之外，就再也没有其他人可以操纵红巴隆了。可是健一郎也因此背叛了铁面党，被戴比拉博士当着健的面引爆处死。驾驶红巴隆的红健以及SSI，与邪恶的机器人帝国铁面党的战斗就此开始了。

新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。 　　人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰，而且令科学家们感到惊恐的是，此战舰中的高科技表明外宇宙科技比地球目前的科技要先进许多。这也证实了比安博士之前就提出过的存在准备向地球进攻的外宇宙文明的假想，地球已经危在旦夕了。 　　在危机一步步逼近的情况下，一部分科学家对于外宇宙的高科技已经恐惧到了极点，许多人提出了逃离地球、移居其它星球的提议，而地球联邦政府的高官们并未意识到此事件的严重性，一方面极力隐瞒巨型战舰坠落的真相，一方面仍然一如继往地过着腐败不堪的生活。 　　在此危急之时，比安博士提出“人类无处可逃”，主张积极地发展军事与科技，全面准备抵抗异星人的入侵。为此以比安博士为首，科学家们加紧对战舰中的EOT技术进行解析与调查；而联邦军中的积极派也开始行动。 　　新世历183年1月，比安博士在南亚得里亚岛的EOT研究机构创建DC组织，并进行对异星人用新机体的研制与开发。 　　新世历185年6月，联邦军极东支部在DC、玛奥军工厂及迪斯拉.雷希研究所的协力下，开始SRX计划。

《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。 ----------------------------------------------------------------------- 【STAFF】 原作：SR Produce Team 监督：大张正己 监修：寺田贵信、森住惣一郎 系列构成・脚本：竹田裕一郎、八房龙之助 总作画监督：椛岛洋介 总机械作画监督：山根理宏 动作监督：铃木藤雄 机械设定：宫武一贵、カトキハジメ、明贵美加、斋藤和卫、山根理宏、ことぶきつかさ、大张正己 人物原案：河野さち子、斋藤和卫 人物设定：江端里沙、浜崎贤一、大笼之仁、山根理宏 Production设计：中北晃二 音响监督：龟山俊树 主题歌：JAM Project 动画制作 : 旭Production 演出：创通 制作：SRWOG PROJECT 【CAST】 南部响介：森川智之 Excellen Browning：水谷优子 Lamia Loveless：清水香里 Brooklyn Luckfield：杉田智和 水羽楠叶：高桥美佳子 伊达隆圣：三木真一郎 Raidiese Fujiwara Blanstein：置鲇龙太郎 古林彩：冬马由美 古林舞：折笠爱 Viletta Badim：田中敦子 安藤正树：绿川光 Ryune Zoldark：日高奈留美 白河愁：子安武人 Arado Balanga：鸡内一也 Seolla Schweizer：かかずゆみ Latuni Subbota：平井理子 樱花凪沙：根谷美智子 水无濑大铁：柴田秀胜 Lefina Enfield：岩男润子 Sanger Somvold：小野健一 Raetsel Fein Schmecker：稻田彻 Guiliam Jaeger：田中秀幸 Wendoro：甲斐田雪 Mekiboss：石田彰 Vigaji：草尾毅 Axel Almar：神奈延年

America's best player is being pulled in to the ultimate cyber-terror. The game's mastermind has stolen his identity, put him on the FBI's Most Wanted List, and is blackmailing him to take a part in a real twisted plan of world destruction. With just hours left, can the code be broken to save the world from total annihilation?

本作是超级机器人大战首次制成动画，故事背景在“OG2”结束后发生的“巴鲁多露事件”的原创故事。因为这是第一次动画化，机战迷都十分期待，但因动画素质低而不获好评。

本作は『スーパーロボット大戦』の名を冠する初のアニメーション作品である。ただし、タイトル通り版権作品の登場しない『OG』シリーズの枠の中でのリリースとなっている。『OG2』終了後の物語であり、そこで起きた「バルトール事件」をアニメ化したオリジナルストーリー。 制作会社は、TVアニメ『スーパーロボット大戦OG -ディバイン・ウォーズ-』のOLMではなくブレインズ・ベース。 ドラマCDは、OVAに登場しないキャラの物語に加え、OVA前日談とおちゃらけた後日談となっている。また、本編での説明不足の部分はかなり補足されている。

Elaine是个爱慕钱财的女子，她搭上了花花公子Charles后，便让自己的替身机器人去和Charles亲密接触。没想到Charles也派出了自己的替身机器人。这两个机器人相爱后逃跑了。而在这个世界里，使用替身机器人是违法的。Elaine和Charles只好满心不情愿地一起去追寻各自的替身。

Elaine是个拜金女，勾搭上花花公子Charles之后就让自己的替身机器人替她跟他亲密。没想到Charles也派去了自己的替身机器人。两个机器人相爱逃跑了。而这个世界里替身机器人是违法的。两人只好不情不愿地一起去追自己的替身。