迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。 在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了！

故事设定为迪迦消失后的第8年—2017年主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球。在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了超级胜利队的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体斯菲亚，虽然他驾驶战机奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了在这个世界里继大古后的第二个光之巨人的人间体。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

TV第1话剧场版。

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。 几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。 飞鸟信（鹤野刚士饰）作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了Super GUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨…

沉睡于降星山的六个闪光玩偶突然发出了神秘波动，好像要发生什么大事了。小光通过一场梦境感受了这股神秘波动，泰罗也察觉到了降星山的异常。于是，小光召集其他几位伙伴一起去降星山回收这六个闪光玩偶。 结果，众人刚刚抵达降星山就遇到了其他外星人，没想到外星人的目的居然是阻止小光等人回收闪光玩偶。这个外星人是伊卡尔斯星人，它受到神秘力量的召唤，得以复活。小光等人为了尽快找到闪光玩偶，他们兵分几路，分开去寻找，结果却被伊卡尔斯星人耍地团团转。 后来，小光等人识破了伊卡尔斯星人的阴谋，恼羞成怒的伊卡尔斯星人通过黑暗融合，变成了凶恶暴君塔伊兰特。于是，小光用迪迦闪光玩偶变身迪迦奥特曼前去迎战，友也操控着钢铁九号前来帮助小光一起对抗塔伊兰特。小光和友也联手成功击败了塔伊兰特，结果，伊卡尔斯召唤出了更加可怕的敌人。一筹莫展之际，小光再次变身成银河奥特曼成功地挽救了这场危机。

很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。

银河奥特曼特别剧场版