在 迪迦与 加坦杰厄决战的两年之后，TPC内部的鹰派与鸽派矛盾加剧，而因为迪迦消失而急于补充战力的 TPC官员制订了极密的F计划，旨在探索迪迦与加坦杰厄的战场——露露耶的超古代遗迹以寻找新的巨人， 居间惠队长也随行。但不幸的是，在探索过程中，在3000万年前被迪迦击败的三名邪恶巨人 卡蜜拉、 达拉姆和 希特拉意外复苏了，并放出无数 佐加幼鸟攻击调查队。与此同时，幽怜借居间惠队长的身体出现并在露露耶布下了一个能维持100年的结界以保护人类。而大古出现了很离奇的幻觉，曾梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉；与此同时，宗方、新城和崛井前往露露耶搜救，却遭到了佐加攻击；在回来后，宗方汇报了露露耶的情况，在经过了一场讨论后，TPC高层最终决定毁灭露露耶。大古、丽娜、真由美和野瑞在城市聊天，谈及与丽娜结婚发放邀请函时卡蜜拉又出现了，问大古为什么没有给她发邀请函，而后遭遇了佐加袭击城市，之后与丽娜走散，在寻找丽娜时感慨自己无法变身迪迦保护城市，之后卡蜜拉给了大古黑暗神光棒并诱惑大古变身，在大古变身后，卡蜜拉三人现出真身诱惑迪迦回归，这时，大古发现了刚才拿气球的小女孩因为母亲去世而哭泣，正当迪迦想要救女孩时，却因为黑暗内心的影响却杀死了女孩，但这一切都是卡蜜拉的幻象。丽娜发现了大古的异象，和其谈话时，大古不耐烦地吼了她，却因此摆脱了幻象。当晚，在大古和丽娜一起乘坐摩天轮时，大古又出现幻觉叫出了卡蜜拉的名字因而与丽娜发生了争执（其实卡蜜拉是3000万年前黑暗迪迦的恋人）。在回到TPC总部时，宗方告诉了大古居间惠队长被困在露露耶的真相，但拒绝让大古参与救援；之后，大古为了了解黑暗迪迦的真相，前往TPC的仓库寻找幽怜的时光机器，但时光机器在播放了一段黑暗迪迦与卡蜜拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。就在这时，卡蜜拉、达拉姆和希特拉出现了，在攻击大古之后卡蜜拉道出了真相：3000万年前，巨人们在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战；4人在那时曾一同称霸了世界，但迪迦则在幽怜的劝说之下放弃了黑暗并获得了光的力量，最终封印了他原来的同伴。而卡蜜拉、达拉姆和希特拉被困在结界中，他们以居间惠队长来要挟大古重回黑暗，以便打破结界、重新称霸世界。当声音消失时，在外偷听的丽娜打开了仓库，却发现大古昏迷不醒，翻过大古后又发现了黑暗神光棒。在大古昏迷期间，幽怜在梦里告诉了大古一些事情和真相，醒来之后，为了救居间队长，与丽娜一番交谈后，丽娜给了大古黑暗神光棒，于是大古孤身前往露露耶。随后，丽娜与宗方等五人驾驶雅格迪斯号一同前往露露耶，在露露耶大古变身成了黑暗迪迦并打破了结界，此时露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量，黑暗再度笼罩天空。 GUTS的雅格迪斯号在大批佐加的攻击下逐渐不支，幸而一批新兵（未来SUPER GUTS的喜比刚助、幸田、狩矢和 由美村良）前来支援才转危为安。与此同时，居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器，消灭了所有的佐加。